豬自然抗性相關(guān)巨噬蛋白1基因（NRAMP1）和al-巖藻糖轉(zhuǎn)移酶基因（FUT1）遺傳變異及cSNPs的搜尋、鑒別分析.pdf

1、江西農(nóng)業(yè)大學(xué)碩士學(xué)位論文豬自然抗性相關(guān)巨噬蛋白1基因（NRAMP1）和al巖藻糖轉(zhuǎn)移酶基因（FUT1）遺傳變異及cSNPs的搜尋、鑒別分析姓名：晏學(xué)明申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別：碩士專業(yè)：動(dòng)物遺傳育種與繁殖指導(dǎo)教師：黃路生2003.6.1豬自然抗性相關(guān)巨噬蛋自1基因(NRAMPI)和a】一巖藻塘轉(zhuǎn)移酶基因(FUT】)望堡奎墨墨!!罡!塑塑量：苧型坌塹一——摘要隨著集約億飼養(yǎng)方式的普及，疾病特射是傳染性疾病給養(yǎng)豬業(yè)帶來重大損失。通過基因組掃描和候選基因

2、法已找到許多與豬抗病性狀相關(guān)的主效基因或分子標(biāo)記。本研究分別對(duì)抵抗沙門氏菌等多種病原苗的自然抗性相關(guān)巨噬蛋白1基因(NRAMPl)和抗仔豬斷奶后水腫和腹瀉病的al一巖藻糖轉(zhuǎn)移酶基因(FUTI)進(jìn)行研究，旨在為利用標(biāo)記轄助選擇進(jìn)行抗病育種提供科學(xué)依據(jù)。第一部分自然抗性相關(guān)巨噬蛋白1基因(NRAMPl)在中外豬種的遺傳變異分析豬自然抗性相關(guān)巨噬蛋白I基因(NRAMPI)是豬抵抗沙門氏菌等多種病原菌的免疫遺傳調(diào)控候選基因。本實(shí)驗(yàn)采用PCRRF

3、LP方法對(duì)3個(gè)西方商業(yè)豬種以及21個(gè)中國(guó)地方豬種(群)1347個(gè)個(gè)體的NRAMPI基因外顯子l與外顯子3之間16Kb擴(kuò)增片段進(jìn)行PCR—RFLP多態(tài)性分析，發(fā)現(xiàn)存在3個(gè)等位基因(A、B、C)以及4種基因型(AA、BB、AB、BC)，中外豬種之間基因型和基醫(yī)頻率差異顯著，不同類型地方豬種其基因型和基因頻率存在不同程度的差異，同一類型的豬種基因型與基因頻率差異不顯著，另外還發(fā)現(xiàn)在所檢測(cè)的24個(gè)豬種中，只有1個(gè)外來豬種以及2個(gè)中國(guó)地方豬種(樂

4、平花豬和東鄉(xiāng)花豬)有C等位基因，且這兩個(gè)中國(guó)地方豬種的基因型和基因頻率接近，表現(xiàn)其遺傳背景的特異性，同時(shí)又顯示這兩個(gè)豬種在這個(gè)位點(diǎn)上的相似性?？赡艿脑蚴牵@兩個(gè)豬種類群起源于同一豬種，由于分布的區(qū)域不同而有不同的命名，或者在品種的形成過程中導(dǎo)入了外來血緣。同時(shí)在四個(gè)藏豬類群中，受試基因位點(diǎn)上的遺傳分化有所差異，這可能與地理分布不同有關(guān)。通過將人的NRAMP[全基因序列和豬的cDNA序列進(jìn)行對(duì)比分析，主要依據(jù)人的全基因序列設(shè)計(jì)引物，以池

5、DNA(pooledDNA)為模板對(duì)NRAMPI基因內(nèi)含子5部分序列進(jìn)行克隆、測(cè)序，意在搜尋所克隆片段的單核苷酸多態(tài)性(singlenucicotidepolymorph／smSNP。序列分析結(jié)果顯示，所克隆的NRAMPl基因內(nèi)含子5部分序列未發(fā)現(xiàn)多態(tài)性位點(diǎn)。同時(shí)將所克隆基因片段與豬NRAMPlcDNA序列做一對(duì)比，發(fā)現(xiàn)l～30為NRAMPI基因的外顯子5部分序列，31397部分為內(nèi)含子5，399～419為外顯予6部分序列，E口此基因片

6、段絕大部分為內(nèi)含子序列。將該基因片段內(nèi)含子部分分別與人、馬和綿羊相應(yīng)片段做同源性分析，結(jié)果表明其同源性是：45，38％、52，55％、6347％。由此說明，此內(nèi)含子區(qū)域同源性較低，即物種間保守性不高關(guān)鍵詞：豬，NRAMPl基因，遺傳變異，序列分析第二部分中外豬種aI一者藻糖轉(zhuǎn)移酶基因(FUTl)的遺傳變異及cSNPs的搜尋、鑒定研究腸毒素大腸桿菌F18(ECFl8)是引起仔豬斷奶后水腫和腹瀉病的主要病原菌，a1巖藻糖轉(zhuǎn)移酶基因(FUTI

7、)是ECFi8侵染豬小腸的受體蛋白候選基因。通過采用PCRRFLP方法檢測(cè)了5個(gè)西方商業(yè)豬種以及21個(gè)中國(guó)地方豬種(群)1458個(gè)個(gè)體在H，rl基因開放閱讀框架的307核苷酸位點(diǎn)的GA點(diǎn)突變(M307”“)遺傳變異。結(jié)果表明：5個(gè)外來豬種以及中國(guó)地方豬種中的臨高豬在該R盯l基因位點(diǎn)存在多態(tài)性其他中國(guó)地方豬種均表現(xiàn)為極端的單態(tài)分布，只有易感的GG基因型，投有多態(tài)性。由此提示：(1)如果豬Fur】M307“點(diǎn)突變是決定豬小腸上ECFl8受搴