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1、分類號(hào)UDC密級(jí)編號(hào)中閹斜孥萱記砑窺生阮碩士學(xué)位論文墮塞絲圭盛坌坌塹篡洼笪建童壁蕓麴堂廑雖邱爽申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別理堂殛學(xué)科專業(yè)名稱生物信息堂論文提交Et期2Q12堡壘基論文答辮鱉期2魚(yú)12生基學(xué)位授予單位主國(guó)疊堂醫(yī)班塞壘隨答辯委員會(huì)主席限定性主成分分析算法的建立及其初步應(yīng)用AbstractMicroarraytechnologyhasbeenwidelyusedtoidentifygeneswithdifferentialexpression
2、pattemsunderdifferentconditionsDifferentexpressionpattemsinexperimentalandcontrolgroupscanbemeasuredfrombothastaticanddynamicpointofviewSincetheregulationofgeneexpressionisadynamicprocess,anexperimentdesignwithtime—serie
3、sdatawillprovidemorebiologicalinformationthanastaticexperimentaldesignManymethods,includingPCA,SVD,theBayesianmodel,HMM,ANOVAandregressionbasedmodels,areusedtoanalyzetimeseriesmicroarraydatafromvariousperspectives,mostof
4、whicharedesignedtofindgenesundergoingsignificantchangesHowevertheydonottakeintoaccounttheinherentcorrelationamongdifferenttimepoints,andnoiseisalsoignoredWhatismore,fewmethodsemphasizethetimeseriespropertyunderlyingtimes
5、eriesdataInspiredbythetraditionalPCAthatuseoneaxiswithmaximizedvariancerepresentasmuchinformationaspossibleandremovethenosieandbythetimeforcedlinearmodelthatembedtimeseriespropertyamongsamplepointswhenprocessingtimeserie
6、sdata,theauthorestablishedanewmodelnamed“ConstrainedPrincipalComponentAnalysis”(CPCA),whichattemptstofindoneaxiswhichcanmaintaintimeseriespropertyamongsamplepointsonconditionthatvarianceismaximizedtepresentthemaintrendof
7、aseriesofvectorsTheauthorusedtwosetsofpubliclyavailabletimeseriesexpressiondatatotestwhethertheCPCAalgorithmispracticabletofinddifferentiallyexpressedgenesfromtimeseriesexpressiondataunderdifferentenvironmentalconditions
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