對(duì)影響蛋白質(zhì)螺旋結(jié)構(gòu)中氫鍵形成因素的研究.pdf

1、本文是基于Chou-Fasman法則的計(jì)算原理，通過(guò)對(duì)Fasman法則計(jì)算公式的分析，并且對(duì)當(dāng)初Chou-Fasman計(jì)算得到的結(jié)果進(jìn)行了重新計(jì)算和優(yōu)化，得到了新的蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)傾向性因子值，同時(shí)從另一方面證明了Chou-Fasman法則的正確性。
　　 文章使用的數(shù)據(jù)均來(lái)源于PDB（蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)）數(shù)據(jù)庫(kù)，二級(jí)結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫(kù)選擇的是SCOP數(shù)據(jù)庫(kù)，二級(jí)結(jié)構(gòu)定義數(shù)據(jù)庫(kù)選擇的是DSSP（蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)定義數(shù)據(jù)庫(kù)）數(shù)據(jù)庫(kù)，。經(jīng)

2、過(guò)自己開發(fā)的軟件將從網(wǎng)上下載得到的數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行一定的轉(zhuǎn)換，為本課題提供服務(wù)，主要數(shù)據(jù)庫(kù)最終分為兩種：1，DSSP非冗余數(shù)據(jù)庫(kù)，其目的在于減少冗余度對(duì)本課題計(jì)算結(jié)果造成的誤差的影響；2，DSSP隨機(jī)數(shù)據(jù)庫(kù)，本數(shù)據(jù)庫(kù)做為計(jì)算結(jié)果的驗(yàn)證集，目的在于驗(yàn)證計(jì)算從非冗余數(shù)據(jù)庫(kù)中計(jì)算得到的結(jié)果。
　　 由于沒(méi)有現(xiàn)成的能滿足本課題需要的數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)挖掘和數(shù)據(jù)分析處理軟件，因此在完成本課題之前需要自己設(shè)計(jì)開發(fā)一款軟件作為課題的硬件支持。本課題選用的是

3、Delphi7開發(fā)平臺(tái)，開發(fā)了課題專門的數(shù)據(jù)處理軟件。
　　 文章對(duì)長(zhǎng)度為4的多肽模型進(jìn)行了數(shù)據(jù)挖掘和分析處理，發(fā)現(xiàn)在這種模型出現(xiàn)的螺旋和非螺旋結(jié)構(gòu)中，呈現(xiàn)出一種趨勢(shì)：當(dāng)中間2，3位位點(diǎn)的螺旋傾向性因子值高于某個(gè)值時(shí)，和低于某個(gè)值時(shí)，這種模型將出現(xiàn)不同的二級(jí)結(jié)構(gòu)，即：當(dāng)中間位點(diǎn)的氨基酸殘基的Fasman傾向性均值大于1時(shí)，這種模型大多呈現(xiàn)螺旋結(jié)構(gòu)，比例高達(dá)80％左右，當(dāng)傾向性均值小于1時(shí)，這種模型很少呈現(xiàn)螺旋結(jié)構(gòu)，比例高達(dá)70％