蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方法研究.pdf

1、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能預(yù)測(cè)是后基因組時(shí)代的重要研究?jī)?nèi)容,它不僅需要生物學(xué)者為之奮斗,同時(shí)為數(shù)學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)、信息科學(xué)、物理學(xué)、系統(tǒng)科學(xué)和管理科學(xué)等學(xué)科提出了挑戰(zhàn).圍繞這一主題,該文進(jìn)行了一些研究和討論.主要研究成果如下:1.利用氨基酸序列預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)可以歸結(jié)為一個(gè)復(fù)雜系統(tǒng)的全局優(yōu)化問(wèn)題,建立一個(gè)合理的預(yù)測(cè)模型是關(guān)鍵性的第一步.預(yù)測(cè)模型的目標(biāo)函數(shù)通常采用基于物理理論的經(jīng)驗(yàn)勢(shì)能函數(shù)或基于統(tǒng)計(jì)理論的平均勢(shì)能函數(shù).深入研究了這兩類(lèi)勢(shì)能函數(shù)的特點(diǎn),系

2、統(tǒng)分析了一個(gè)具有綜合特點(diǎn)的聯(lián)合殘基勢(shì)能函數(shù),建立了四個(gè)預(yù)測(cè)模型,目標(biāo)函數(shù)分別包含不同的能量項(xiàng),可以分析比較它們對(duì)預(yù)測(cè)結(jié)果的影響.2.計(jì)算時(shí)間是蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)中的主要問(wèn)題,在常規(guī)的最優(yōu)構(gòu)象搜索過(guò)程中,采用經(jīng)典優(yōu)化算法的能量極小化過(guò)程需耗用95﹪以上的計(jì)算時(shí)間.3.該文結(jié)合子序列分布和FDOD函數(shù),給出了一種新的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)類(lèi)預(yù)測(cè)方法,和現(xiàn)有的預(yù)測(cè)方法相比,它考慮了氨基酸殘基的排列順序,從而顯著提高了預(yù)測(cè)精度,與張春霆院士的最新結(jié)果相比,兩類(lèi)