序列替代的蛋白質三級結構預測方法.pdf

1、蛋白質的結構決定功能.蛋白質數據庫中新發(fā)現蛋白質數量的迅速增長和蛋白質結構測定的復雜性決定了蛋白質三級結構預測是當前生物信息學研究的熱點.該文中根據三級結構預測的兩種最流行的方法:threading方法和ab initio方法應用范圍的不同,提出了一種將二者結合的新的預測方法:序列替代預測法.Threading方法應用于待測氨基酸序列在蛋白質數據庫中與已解決結構的氨基酸序列匹配度較高的預測目標.ab initio方法應用于序列在數據庫中

2、匹配度很低的預測目標.該文提出一種方法,從已解決結構和匹配度較高預測序列出發(fā),得到序列不同但結構類似的序列的群組(二級結構群組)和兩兩對應(非二級結構片斷:經驗對應),并將這些對應建立數據庫.對于threading方法中匹配度較低的待測序列,該方法將它拆分為二級結構和非二級結構,分別作序列替代,然后送入threading方法,對較好的結果和ab initio方法的結果作聚類,得到最優(yōu)的模型.文中提出了序列替代方法的系統(tǒng)架構,并對主要的算