無序蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預測方法研究.pdf

1、無序蛋白質(zhì)中的無序區(qū)域因缺少與其它蛋白質(zhì)、配體或者細胞內(nèi)環(huán)境的相互作用，無法折疊到穩(wěn)定的三維結(jié)構(gòu)。無序蛋白質(zhì)參與了很多生理過程，發(fā)揮重要的生物作用。然而，由于無序區(qū)域結(jié)構(gòu)的高度柔性以及無序蛋白質(zhì)自由能構(gòu)成中較高的構(gòu)象熵，傳統(tǒng)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預測方法對這類蛋白質(zhì)的預測準確程度并不理想。因此改進傳統(tǒng)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預測方法，對無序區(qū)域結(jié)構(gòu)建模，使預測結(jié)果更接近無序蛋白質(zhì)的天然結(jié)構(gòu)，對研究無序蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能具有重要意義。
　　本文設計并實現(xiàn)了一

2、種并行和聲無序蛋白質(zhì)骨架結(jié)構(gòu)預測算法。算法采用共享和聲記憶庫的并行機制，增加了和聲算法的全局搜索能力也加快了預測效率。每個和聲搜索線程都將無序區(qū)域和有序區(qū)域結(jié)構(gòu)的搜索區(qū)分開，交替的改變無序區(qū)域和有序區(qū)域的結(jié)構(gòu)，使不同區(qū)域的結(jié)構(gòu)相互影響和制約，最終達到一種均衡狀態(tài)。
　　無序區(qū)域結(jié)構(gòu)雖然不穩(wěn)定，但無序區(qū)域結(jié)構(gòu)在二維平面上的投影結(jié)構(gòu)變動較小。本文從二維特征的角度對無序區(qū)域的結(jié)構(gòu)建模，采用無序區(qū)域兩端殘基距離和無序區(qū)域內(nèi)兩殘基的最大距離