整合基因共表達網(wǎng)絡(luò)和代謝網(wǎng)絡(luò)預(yù)測新癌癥靶點及潛在抗癌藥物.pdf

1、代謝對于癌癥至關(guān)重要。在癌細胞中，許多代謝通路被重調(diào)，以適應(yīng)癌癥的特異需求，或促進癌癥的發(fā)生發(fā)展。本研究整合了癌癥基因共表達網(wǎng)絡(luò)和代謝酶網(wǎng)絡(luò)，以深入探索癌細胞代謝過程。通過癌癥基因共表達網(wǎng)絡(luò)，我們找出了在癌細胞中顯著上調(diào)或下調(diào)的基因共表達模塊。模塊中有一些酶基因具有比預(yù)期更多的基于代謝酶網(wǎng)絡(luò)的連接數(shù)，我們認為，這些酶的表達及活性水平的改變、或針對相應(yīng)代謝物水平的干預(yù)可能對癌細胞代謝過程具有重要影響。因而，這些酶基因及相應(yīng)代謝物具有成為癌

2、癥治療靶點和藥物的潛能。我們將此整合網(wǎng)絡(luò)的方法稱為Met-express，其中Meta指代謝酶網(wǎng)絡(luò)，而express指基因共表達網(wǎng)絡(luò)。Met-express被用于肺癌、白血病和乳腺癌中，對每一種癌癥都預(yù)測了一系列關(guān)鍵酶基因和關(guān)鍵代謝物。依據(jù)數(shù)據(jù)庫和文獻搜索，我們發(fā)現(xiàn)大約20-30％的關(guān)鍵酶基因被用作已知治療癌癥藥物的靶點，或有文獻認為其具有成為新靶點的可能。另外，有50個代謝物出現(xiàn)在所有三種癌癥預(yù)測結(jié)果中，其中4個是已知的治療癌癥藥物，