乙肝病毒系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系構(gòu)建與堿基替換形式趨異研究.pdf

1、第一部分:乙肝病毒樹狀系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系構(gòu)建
　　乙型肝炎病毒是一個(gè)重要的傳播廣泛的傳染源，至少可分為8種不同的基因型，它引起全世界數(shù)十億人感染。HBV基因型的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系為HBV的進(jìn)化和傳播史提供了重要線索。但是，重新構(gòu)建HBV基因型的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系并不是非常容易。特別是基因型A，B和C間的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系，由于基因型間的重組引起的混雜效應(yīng)，之前的研究還未闡述清楚。為了揭示HBV的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系，本研究構(gòu)建了系統(tǒng)發(fā)育樹以重現(xiàn)HBV基因型間的大

2、部分進(jìn)化關(guān)系。
　　本研究在盡可能減少重組所引起的混雜效應(yīng)的基礎(chǔ)上，基于HBV基因組片段的一致性構(gòu)建了HBV基因型間的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系。重構(gòu)的系統(tǒng)發(fā)育樹可靠地捕獲了大部分HBV基因型的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系。重構(gòu)的系統(tǒng)發(fā)育樹關(guān)系揭示了基因型B和C比基因型A和B或基因型A和C有更近的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系。而且，這種分布關(guān)系得到了HBV基因型的地理分布關(guān)系的進(jìn)一步佐證。
　　根據(jù)HBV基因型的地理分布和系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系推測(cè)，亞洲人攜帶的的HBV基因型B和

3、C可能起源于歐洲。本研究所采用的一系列系統(tǒng)發(fā)育學(xué)研究方法為有遺傳重組的病毒系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系的重構(gòu)提供了一個(gè)可靠并有效的解決途徑。
　　第二部分:乙肝病毒堿基替換形式趨異研究
　　遺傳學(xué)替換為所有物種進(jìn)化的基本驅(qū)動(dòng)力，包括乙型肝炎病毒(HBV)。遺傳替換經(jīng)過時(shí)間的積累增加了個(gè)體序列間的遺傳差異并且導(dǎo)致新的遺傳譜系的產(chǎn)生。因?yàn)檫z傳變異對(duì)HBV的生物學(xué)特征和HBV感染的臨床表現(xiàn)都有重要的影響，通過研究HBV的遺傳替換形式來理解HBV的

4、生物學(xué)變得非常重要。我們使用3287條全長HBV序列，通過比較不同HBV譜系對(duì)HBV遺傳位點(diǎn)的替換形式進(jìn)行研究。在不同的HBV譜系中鑒別出20個(gè)基因組位點(diǎn)的歷史遺傳替換形式存在顯著差異，位點(diǎn)之間的突變差異具有顯著的相關(guān)性。結(jié)果顯示某些譜系的特殊位點(diǎn)堿基的“驅(qū)動(dòng)”突變推動(dòng)了相關(guān)位點(diǎn)的進(jìn)化。20個(gè)位點(diǎn)的發(fā)現(xiàn)也表明可能潛在更多的HBV基因組進(jìn)化趨異位點(diǎn)。因?yàn)楸狙芯克肏BV序列數(shù)目的有限，且“驅(qū)動(dòng)”突變對(duì)大多數(shù)HBV基因組上的位點(diǎn)的進(jìn)化驅(qū)動(dòng)力