浙江楠EST-SSR標(biāo)記開發(fā)及天然種群遺傳多樣性研究.pdf

1、浙江楠(Phoebe chekiangensis C.B. Shang)是我國特有的珍貴用材與觀賞樹種,屬國家二級保護(hù)的漸危種。本項(xiàng)研究全面調(diào)查了浙江楠自然分布區(qū)資源現(xiàn)狀,選擇典型群落進(jìn)行群落結(jié)構(gòu)和生物多樣性調(diào)查分析。利用 Solexa測序平臺對浙江楠轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行高通量測序來搜尋SSR位點(diǎn),并應(yīng)用多態(tài)性EST-SSR標(biāo)記對7個(gè)浙江楠天然群體190個(gè)單株進(jìn)行遺傳多樣性評價(jià),取得以下研究結(jié)果:
　　1.天然群落結(jié)構(gòu)分析表明,浙江楠6個(gè)種

2、群間相似性系數(shù)為0.061-0.400,相似性系數(shù)最小的兩個(gè)群落為浙江永嘉和江西婺源,而浙江松陽與江西婺源相似性系數(shù)最高;浙江楠在6個(gè)群落的重要值為16.27％-43.09%,重要值最小為浙江泰順群落,而最大為江西黎川群落,并發(fā)現(xiàn)這種結(jié)構(gòu)的差異與其群落保護(hù)程度直接相關(guān);基于葉片表型將7個(gè)群落進(jìn)行UPMGA聚類,聚成5類。
　　2.浙江楠轉(zhuǎn)錄組的高通量測序獲得有效Reads數(shù)據(jù)0.53億條,數(shù)據(jù)量4.9G,平均長度94.31bp;D

3、E NOVO拼接得到111250個(gè)Unigenes,總長度為79126921bp?；蚬δ茏⑨屌c分類結(jié)果表明,共有47525個(gè)Unigenes比對上NR蛋白庫,占42.72%;16135個(gè)Unigenes與KEEG庫有同源信息,占14.5%,注釋到984個(gè)酶,代謝通路為298個(gè);25種KOGs有15605個(gè)Unigenes有具體蛋白功能注釋;在GO功能分類中,共60個(gè)類別包括36370個(gè)Unigenes有具體功能注釋。
　　3.利

4、用MISA軟件對111250條浙江楠EST序列進(jìn)行搜索,其中19259條EST含SSR位點(diǎn),共22985個(gè)SSRs,頻率為17.31%。重復(fù)類型主要為二核苷酸和三核苷酸重復(fù),分別占56.14%和42.11%。隨機(jī)挑選設(shè)計(jì)90對引物,73對可擴(kuò)增出預(yù)期目的條帶,其中41對引物具有較好多態(tài)性。
　　4.應(yīng)用41對多態(tài)性引物對7個(gè)浙江楠天然群體的190個(gè)單株進(jìn)行擴(kuò)增,41個(gè)SSR標(biāo)記的多態(tài)性信息含量(PIC)為0.0452-0.5896

5、,平均為0.32。共檢測到88個(gè)等位基因,平均觀察等位基因數(shù)(na*)為2.00,平均有效等位基因數(shù)(ne*)為1.73,Shannon,多樣性指數(shù)(I*)平均為0.41,Nei’s遺傳多樣性指數(shù)( h*)為0.5911?；蚍只禂?shù)(Fst)為0.20,基因流(Nm)為1.99。
　　5.NTS聚類分析表明,190個(gè)浙江楠單株在遺傳距離為0.68時(shí)可分成5類。基于Nei’s遺傳距離的UPGMA聚類分析顯示,7個(gè)浙江楠天然群體可分

6、為4類:浙江杭州、浙江松陽聚為一類;浙江泰順、浙江永嘉聚為一類;江西鉛山、江西婺源聚為一類;江西黎川單獨(dú)聚為一類。群體遺傳結(jié)構(gòu)分析軟件 Structure2.3將7個(gè)天然群體190個(gè)單株劃分為5個(gè)亞群,這與NTS聚類結(jié)果相似。
　　6.Mantel檢測結(jié)果表明,群體間遺傳距離與地理距離呈極顯著正相關(guān)(r=0.616,P=0.005);群體間遺傳距離與氣溫差值相關(guān)性不顯著(r=0.192,P=0.394);群體間遺傳距離與降水量差值