海帶EST-SSR標記的開發(fā)及其遺傳多樣性研究.pdf

1、海帶（Saccharina japonica）具有悠久的人工栽培歷史，是我國海藻養(yǎng)殖中最重要的種類之一，也是我國產(chǎn)量較高的大型海產(chǎn)經(jīng)濟藻類。我國的海帶產(chǎn)量和養(yǎng)殖規(guī)模均列世界首位。海帶特征性的異型世代交替生活史使之成為藻類學(xué)和遺傳學(xué)研究的典型生物。但是由于海帶中的多糖和酚類物質(zhì)含量較高、染色體數(shù)目眾多且基因組較大，海帶的分子遺傳學(xué)研究進展仍較為緩慢。微衛(wèi)星標記是一種重要的共顯性標記，已被廣泛應(yīng)用于品種分子鑒定、種群遺傳結(jié)構(gòu)評估、遺傳連鎖圖

2、構(gòu)建與QTL定位等工作中。目前為止，海帶科SSR標記數(shù)量仍十分有限，極大地限制了海帶分子遺傳學(xué)與分子育種研究工作的進展。
　　本研究從實驗室已測序的榮福海帶基因組和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中，研究了微衛(wèi)星重復(fù)序列的特征，發(fā)現(xiàn)其主要以二堿基和三堿基重復(fù)為主，其中二堿基以AC重復(fù)為主，三堿基以TGC重復(fù)為主，其他堿基重復(fù)類型沒有明顯的偏愛性。從這些數(shù)據(jù)中共設(shè)計了1120對引物，其中有1020對EST-SSR引物，100對DNA基因組SSR引物，選用

3、四個品系的海帶DNA(蓬雜、平板菜、東方2號和愛倫灣)對這1120對引物進行多態(tài)性引物的篩選，共得到146對具有多態(tài)性的引物,其中129對來自EST-SSR引物，17對來自DNA基因組SSR引物。然后選用我國當前主要的海帶養(yǎng)殖品種和種群（愛倫灣、福建種、平板菜、三海、高家、早厚成、東方3號、蓬雜2號、榮福、東方2號）共30株個體對這146對有多態(tài)性的引物再次進行了篩選，得到了52對多態(tài)性引物,共擴增出134個等位基因，平均每個位點2.6

4、7個等位基因；群體PIC值平均為0.33，變幅為0.064~0.66。在10個群體中，愛倫灣、東方3號、東方2號海帶的多態(tài)位點比例最高，均為73.08％。早厚成海帶的多態(tài)位點比例最低，為28.85%。群體間多態(tài)位點數(shù)為15~38個不等，多態(tài)位點比例在28.85~73.08%之間。群體間的遺傳距離在0.07~0.5879之間，群體間遺傳分化系數(shù)（Fst）為0.3134，基因流（Nm）為0.5477。
　　本研究進一步應(yīng)用開發(fā)的SSR