兩品種鴨法氏囊差異表達(dá)基因、miRNA的富集及驗(yàn)證.pdf

1、遺傳效應(yīng)是決定動(dòng)物機(jī)體抗病力強(qiáng)弱的主要因素之一。有資料表明，地方鴨品種往往比經(jīng)過(guò)系統(tǒng)選育的肉鴨品種表現(xiàn)出更強(qiáng)的抗病力，二者在不同階段免疫器官的發(fā)育也存在差異，免疫相關(guān)指標(biāo)所反映出的抗逆能力也不盡相同。為研究地方鴨和培育鴨品種在抗病力上存在差異的原因，擬以建昌鴨(JCH)和農(nóng)華肉鴨(PK)為試驗(yàn)對(duì)象，構(gòu)建建昌鴨和農(nóng)華肉鴨4周齡法氏囊混合組織樣(JCF、PKF)的數(shù)字基因表達(dá)譜(DGE)，并進(jìn)行小RNA測(cè)序，獲得兩品種鴨法氏囊組織中的差異表

2、達(dá)基因及miRNA，采用qRT-PCR技術(shù)對(duì)篩選出的部分差異表達(dá)基因和miRNA進(jìn)行驗(yàn)證，并將二者進(jìn)行聯(lián)合分析，試圖找到影響兩品種鴨抗病能力的關(guān)鍵基因及關(guān)鍵miRNA，為鴨的免疫調(diào)控機(jī)制及抗病育種研究提供參考。試驗(yàn)結(jié)果表明:
　　DGE結(jié)果中，JCF共獲得18870755個(gè)reads，經(jīng)過(guò)濾得到18438616個(gè)clean reads;PKF共獲得14281414個(gè)reads，經(jīng)過(guò)濾得到13983876個(gè)clean reads。相

3、對(duì)于PKF，JCF有95個(gè)表達(dá)上調(diào)基因、100個(gè)表達(dá)下調(diào)基因。通過(guò)對(duì)差異表達(dá)基因的GO(Geneontology)分析，發(fā)現(xiàn)差異表達(dá)基因主要被富集到蛋白代謝、高分子代謝及核糖體組分中;通過(guò)差異基因的KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分析，發(fā)現(xiàn)在剪切體相關(guān)通路、RNA轉(zhuǎn)運(yùn)過(guò)程、RNA降解過(guò)程、Jak-STAT信號(hào)通路、TNF信號(hào)通路及B細(xì)胞受體信號(hào)通路等均有差異基因富集。篩選出差異顯

4、著的與免疫相關(guān)的10個(gè)差異表達(dá)基因并對(duì)其進(jìn)行qRT-PCR驗(yàn)證。通過(guò)檢測(cè)這些基因在JCF中3、4、5周齡(W3、W4、W5)時(shí)對(duì)于PKF相對(duì)表達(dá)量的變化倍數(shù)，發(fā)現(xiàn)W3時(shí)有7個(gè)基因相對(duì)表達(dá)量的變化趨勢(shì)與預(yù)測(cè)結(jié)果一致，W4和W5時(shí)僅有3個(gè)基因的驗(yàn)證結(jié)果與預(yù)測(cè)結(jié)果一致。
　　小RNA測(cè)序在JCF和PKF中分別獲得11496755和11962192個(gè)reads，經(jīng)過(guò)濾分別得到8234150和8105240個(gè)clean reads。相對(duì)于P

5、KF，JCF中總共篩選出23個(gè)上調(diào)miRNAs、41個(gè)下調(diào)miRNAs。JCF中預(yù)測(cè)到的新miRNA有26種，PKF中有27種。通過(guò)對(duì)miRNA候選靶基因進(jìn)行GO分析，靶基因主要在細(xì)胞組分被富集，通過(guò)KEGG分析，結(jié)果發(fā)現(xiàn)在代謝通路有最多的靶基因被富集，其他如癌癥信號(hào)通路、腸道生成IgA的免疫網(wǎng)絡(luò)、細(xì)胞因子間受體互作及甲型流感等通路中均有顯著的靶基因被注釋。對(duì)篩選出的差異最為顯著的10個(gè)miRNA進(jìn)行qRT-PCR驗(yàn)證。通過(guò)檢測(cè)JCF中

6、差異miRNA對(duì)于PKF相對(duì)表達(dá)量的變化倍數(shù)，結(jié)果發(fā)現(xiàn)W3、W4、W5時(shí)均有7個(gè)及以上的miRNA的變化趨勢(shì)與預(yù)測(cè)結(jié)果一致。
　　通過(guò)對(duì)差異表達(dá)基因和差異miRNA進(jìn)行聯(lián)合分析，發(fā)現(xiàn)差異miRNA的表達(dá)發(fā)生變化時(shí)，對(duì)應(yīng)的靶基因的表達(dá)均發(fā)生顯著變化。GO分析結(jié)果顯示miRNA的靶基因主要富集到代謝過(guò)程，KEGG富集分析發(fā)現(xiàn)miRNA的靶基因主要富集在核糖體信號(hào)通路、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)蛋白過(guò)程及RNA降解過(guò)程中。
　　綜上所述，建昌鴨和農(nóng)華