基于分類機(jī)制的唾液中胃癌標(biāo)志物的篩選.pdf

1、唾液中包含著大量的蛋白質(zhì)分子，其中很多異常表達(dá)的蛋白與疾病檢測(cè)相關(guān)，而且唾液樣本相對(duì)于其它體液比如血液和尿液更容易獲取，因而唾液逐漸成為進(jìn)行無(wú)損檢測(cè)疾病標(biāo)志物的重要體液。幸運(yùn)的是，飛速發(fā)展的分子生物學(xué)中的組學(xué)技術(shù)，例如基因組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)等，以及計(jì)算機(jī)科學(xué)中的機(jī)器學(xué)習(xí)、模式識(shí)別等算法在研究工作中的滲透，為標(biāo)志物的發(fā)掘提供了新的思路和科學(xué)方法，使得在多種生物大分子中檢測(cè)出重要所需標(biāo)志物的過(guò)程變得簡(jiǎn)潔和高效。
　　

2、本文主要應(yīng)用基于分類機(jī)制的挖掘方法，來(lái)識(shí)別那些由于過(guò)度表達(dá)而可能分泌到唾液中的蛋白分子。首先通過(guò)Sys-BodyFluid和Pfam兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)篩選出機(jī)器學(xué)習(xí)算法需要的訓(xùn)練集和測(cè)試集的數(shù)據(jù)，結(jié)合血液和尿液中疾病標(biāo)志物挖掘的計(jì)算方法所選用的屬性集以及通過(guò)唾液蛋白基因本體功能富集分析確定的關(guān)鍵詞屬性，本文構(gòu)建了唾液蛋白的原始屬性集，并提出了結(jié)合EBD離散化方法以及FCBF＃屬性選擇的特征選取算法，構(gòu)建了基于支持向量機(jī)（SVM）的分類器。分類器

3、在1183個(gè)蛋白的測(cè)試集分類準(zhǔn)確率在85％。然后將分類器用于來(lái)自O(shè)ncomine和ArrayExpress兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中由于胃癌而過(guò)度表達(dá)蛋白的分析和判斷。結(jié)果判斷出320個(gè)過(guò)度表達(dá)的蛋白具有唾液蛋白的特性，即有可能分泌到唾液中。經(jīng)過(guò)GeneCards和iHOP兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的文獻(xiàn)查詢和分析，進(jìn)一步明確32個(gè)蛋白可以作為唾液中胃癌檢測(cè)的專一性標(biāo)志物。
　　本文對(duì)結(jié)果進(jìn)一步進(jìn)行了分析，通過(guò)對(duì)這些專一性蛋白的路徑富集分析，尋找到與癌癥細(xì)胞增