稻田固氮細(xì)菌分離物的PCR-DGGE分析及苯酚降解菌株的篩選.pdf

1、稻田固氮微生物是土壤微生物資源的重要組成部分。本文采用16S rDNA-PCR-DGGE法對(duì)本實(shí)驗(yàn)室以前從福建稻田土壤分離取得的八個(gè)固氮細(xì)菌分離物進(jìn)行分子鑒定，發(fā)現(xiàn)每一種分離物都不同程度的被雜菌污染，即以一種固氮細(xì)菌為優(yōu)勢(shì)種，同時(shí)伴生有1-3種的劣勢(shì)種。通過測(cè)序比對(duì)，發(fā)現(xiàn)上述分離物分別與中慢生根瘤菌(Mesorhizobium sp.)、鞘氨醇單胞菌(Sphingomonas sp.)、根瘤菌(Rhizobium sp.)、慢生根瘤菌(

2、Bradurhizobium sp.)、克雷伯氏桿菌(Klebsiella sp.)、伯克霍爾德氏菌(Burkholderia cepacia)、假單胞菌(Pseudomonas sp.)、諾卡氏菌(Nocardioides)和紅球菌(Rhodococcus sp.)九個(gè)屬的固氮細(xì)菌和三個(gè)非固氮細(xì)菌屬具有高度同源性。這表明DGGE不僅是研究細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)和遺傳多樣性的有效工具，也是細(xì)菌分離物純化鑒定的重要手段。 在了解細(xì)菌分離物組

3、成的基礎(chǔ)上，用選擇性培養(yǎng)基進(jìn)一步分離純化后，通過基因挖掘，從一菌株克隆到苯酚羥化酶的基因，經(jīng)測(cè)序比對(duì)后發(fā)現(xiàn)其與Alcaligenes sp.IS-18的苯酚羥化酶基因的核苷酸同源性為98％，由此推導(dǎo)的氨基酸序列同源性為100％。對(duì)該菌16S rDNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增、測(cè)序，運(yùn)用BLAST比對(duì)分析和相關(guān)軟件確定其在系統(tǒng)發(fā)育中的位置，并結(jié)合生理生化鑒定結(jié)果，鑒定為Alcaligenes sp．命名為BC2008。其在接種量為1:300的條件下