副溶血弧菌分子檢測靶點的發(fā)掘與評價.pdf

1、副溶血弧菌（Vibrio parahaemolyticus）是引起食源性疾病的一種重要致病菌。食用污染該菌的海產(chǎn)品如蟹、牡蠣、蝦、貝等會引起食物中毒。中國國家食源性疾病監(jiān)控網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)顯示，近年來沿海地區(qū)副溶血弧菌中毒的發(fā)生規(guī)模和人群暴露規(guī)模呈明顯上升趨勢，并且超過沙門氏菌躍居首位，因此，建立快速、靈敏的副溶血弧菌檢測方法對于食品安全監(jiān)控具有重要意義。 目前，PCR檢測方法以其靈敏、特異、快速的特點，已廣泛應(yīng)用于副溶血弧菌的檢測，該

2、方法最關(guān)鍵的環(huán)節(jié)在于特異性檢測靶點的選擇及其引物的設(shè)計，其優(yōu)劣將影響到副溶血弧菌檢測效率和特異性。目前文獻報道的副溶血弧菌檢測靶點數(shù)量有限，主要局限于gyrB、toxR、tdh、th等早期報道的基因中，其特異性和靈敏度已不能滿足當今快速、靈敏的檢測要求，因此，發(fā)掘新的分子檢測靶點十分必要。 隨著生物信息學和分子生物學技術(shù)的發(fā)展，大量的細菌基因組被測序并發(fā)布，這為從副溶血弧菌基因組中通過序列比對的方法發(fā)掘新的分子檢測靶點提供了重要

3、的資源。 本論文主要從以下三個方面進行了比較系統(tǒng)的研究： 1、構(gòu)建本地BLAST比對分析體系。基于Windows操作平臺，建立了本地細菌核酸數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫包含了139株代表菌株的基因組序列。同時建立了本地BLAST分析比對系統(tǒng)，用于本地BLAST比對分析。 2、利用自動發(fā)掘副溶血弧菌特異性序列片段的方法。采用C++ 編寫可執(zhí)行程序，建立了一種大規(guī)模發(fā)掘副溶血弧菌特異性序列片段的方法。通過利用副溶血弧菌CDS自動

4、切割程序、BLAST比對連續(xù)調(diào)用程序以及結(jié)果自動分析篩選程序，分別從副溶血弧菌兩條染色體的3080和1752個CDS中發(fā)掘出20個特異性序列片段。NCBI已有的記錄表明，目前對此20段序列片段尚未有任何相關(guān)功能分析的報道。 3、引物設(shè)計與常規(guī)PCR實驗驗證。本文從篩選得到的特異性序列片段中選擇了4段，用來設(shè)計PCR擴增引物，并對所設(shè)計的4對引物進行了相關(guān)的實驗驗證與評價。研究結(jié)果表明，借助生物信息學技術(shù)篩選得到的副溶血弧菌特異基