膜蛋白跨膜螺旋結(jié)構(gòu)預(yù)測研究.pdf

1、近年的研究表明,某些膜蛋白結(jié)構(gòu)或者功能的改變與人類疾病的產(chǎn)生有著密切的聯(lián)系,相應(yīng)受體膜蛋白也成為藥物設(shè)計(jì)的重要靶點(diǎn),因此分析膜蛋白的結(jié)構(gòu)意義重大。傳統(tǒng)生物學(xué)實(shí)驗(yàn)測定膜蛋白結(jié)構(gòu)的方法,存在著測定過程復(fù)雜,實(shí)驗(yàn)周期長等缺點(diǎn),因此利用模式識(shí)別技術(shù)來預(yù)測膜蛋白結(jié)構(gòu)成為一個(gè)非常有效的手段。
　　 本文研究膜蛋白跨膜螺旋預(yù)測:使用自組織映射網(wǎng)絡(luò)(SOM)對(duì)訓(xùn)練集樣本進(jìn)行學(xué)習(xí),以消除樣本噪聲并得到樣本的分布特性;學(xué)習(xí)得到的樣本的分布特性編碼在

2、SOM的權(quán)向量中,并作為優(yōu)化后的訓(xùn)練樣本。在預(yù)測階段,采用K近鄰(KNN)和支持向量機(jī),首先計(jì)算出膜蛋白序列中每個(gè)氨基酸屬于跨膜的概率,然后使用動(dòng)態(tài)閾值分割技術(shù)得到膜蛋白的跨膜段。
　　 在兩個(gè)標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)集上的交叉驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明:使用SOM進(jìn)行樣本的預(yù)處理可以顯著提升預(yù)測的速度,并在一定程度上提升預(yù)測精度。與THUMBUP、HMMTOP、SOSUI、DAS-Tmfilter、TOP-PRED、TMHMM、PHOBIUS、MemB