槲皮素與核酸堿基分子間氫鍵的結(jié)合位點(diǎn).pdf

1、深入理解藥物分子和核酸堿基間的相互作用機(jī)制對合理設(shè)計研發(fā)新型高效藥物有重要意義。
　　本文運(yùn)用密度泛函理論B3LYP方法對藥物小分子槲皮素與核酸堿基分子A、T、U的氫鍵相互作用位點(diǎn)進(jìn)行了研究。在B3LYP/6-31G(d)理論水平上優(yōu)化得到了穩(wěn)定的氫鍵復(fù)合物，用B3LYP/6-311++G(3df,2p)(BSSE)方法計算了這些復(fù)合物的結(jié)合能。計算結(jié)果表明，槲皮素可以使用4個不同結(jié)合位點(diǎn)與尿嘧啶或胸腺嘧啶形成氫鍵復(fù)合物，尿嘧啶或

2、胸腺嘧啶可以使用3個不同的結(jié)合位點(diǎn)與槲皮素形成氫鍵復(fù)合物。當(dāng)槲皮素的結(jié)合位點(diǎn)固定時，槲皮素與尿嘧啶的位點(diǎn)u1或胸腺嘧啶的位點(diǎn)t1形成的氫鍵作用最強(qiáng)，與位點(diǎn)u2或位點(diǎn)t2形成氫鍵強(qiáng)度最弱;當(dāng)尿嘧啶或胸腺嘧啶的作用位點(diǎn)固定時，二者與槲皮素的位點(diǎn)qu1形成氫鍵作用最強(qiáng)，與位點(diǎn)qu4作用強(qiáng)度次之，與位點(diǎn)qu3的作用強(qiáng)度最弱。槲皮素與腺嘌呤形成15種氫鍵復(fù)合物，當(dāng)槲皮素的結(jié)合位點(diǎn)固定時，槲皮素與腺嘌呤五元環(huán)上的N-H比六元環(huán)側(cè)鏈上的N-H形成的氫