基于二代測序的基因組缺失變異綜合檢測策略.pdf

1、近年來，二代測序技術取得長足進步，以該技術為基礎的結構變異檢測方法層出不窮。然而，受測序序列的低覆蓋甚至無覆蓋、測序誤差較大、二代測序序列短等因素制約，單一地使用這些方法并不能取得很好的檢測效果。本文圍繞一種重要的結構變異類型—缺失變異，利用多組二代測序數據，對檢測方法進行了研究，并深入分析了所獲結果。本文的主要內容如下:
　　(1)為了能夠有效地評估本文所提出的綜合檢測策略，對缺失變異檢測環(huán)境進行研究，詳述了使得所產生數據盡可能

2、接近于真實數據的仿真平臺搭建方法，包括缺失變異標準集的生成、二倍體個體基因組序列的仿真以及配對末端測序的模擬。
　　(2)提出了一種能夠有機融合主流的三類結構變異檢測理論的綜合檢測策略。該策略的執(zhí)行分為兩個階段:第一階段，以極大化檢測敏感度為目的，將配對末端測序序列映射到參考序列上后做分裂比對，使該階段所獲候選集中包括盡量多的1bp級缺失;第二階段，以極小化假發(fā)現率為目的，根據映射深度分析、分裂比對和序列對映射分析三類理論，充分利

3、用初次映射和二次分裂比對的兩次比對結果，對每一候選缺失變異提取判別其真?zhèn)蔚南嚓P特征，接著使用具有高泛化性能的判別模型篩除候選集中的偽陽性結果。實驗結果表明，相對于傳統(tǒng)的分裂比對方法，所提策略不僅可以將變異斷點定位到1bp解析度，還能夠有效地降低假發(fā)現率，并且基本不會造成檢測敏感度的損失。
　　(3)研究了支持向量機和隨機森林機器學習算法對于本文所提出綜合檢測策略的適用性，并且進一步分析了綜合表征中的各特征在缺失變異檢測過程中所發(fā)揮