外源性綿羊肺腺瘤病毒NM株的基因克隆及序列分析.pdf

1、為了擴(kuò)增外源性綿羊肺腺瘤病毒NM株基因序列．參照GenBank中已發(fā)表的綿羊肺腺瘤病毒(AF105220)的基困序列，設(shè)計(jì)合成5對(duì)引物．從自然感染綿羊肺腺瘤病毒的肺臟組織中提取總RNA，以RNA為模板，應(yīng)用RT—PCR技術(shù)分別對(duì)exJSRV-NM株基因進(jìn)行擴(kuò)增，產(chǎn)物分別為5個(gè)(442bp，1124bp，2796bp，2054bp，535bp)特異性基因片段，將其分別克隆入pMD19-T載體中進(jìn)行雙向測(cè)序并用DNAstar軟件進(jìn)行序列序列

2、分析，獲得各段exJsRV—NM株基因序列。結(jié)果表明，pro基因古有930個(gè)核苷酸，編碼290個(gè)氪基酸；pol基因含有2628個(gè)核苷酸，編碼873個(gè)氨基酸，env基因含有1848個(gè)核苷酸，編碼615個(gè)氨基酸。其中在pol基因的3’末端還重疊一個(gè)額外的開(kāi)放閱讀框(orf-x)?；騼啥朔謩e存在一個(gè)長(zhǎng)末端重復(fù)區(qū)(LTR)，LTR-5長(zhǎng)443bp,LTR-3長(zhǎng)為537bp。exJSRV-NM株基因組在pol基因的3’末端重疊一個(gè)額外的開(kāi)放閱讀

3、框(orf—x)。在env基因編碼的TM區(qū)發(fā)現(xiàn)外源性exJSRV特異性的“YXXM”基序，位于env基因編碼氨基酸序列的第590到893位上。這是具有致病性外源性exJSRV的特有序列，說(shuō)明JSRV-NM是具有致病力的毒株。exJSRV-NM各段基困分別與國(guó)外已報(bào)道的外源性exJSRV進(jìn)行同源性比較，并繪制進(jìn)化樹(shù)來(lái)估計(jì)它們的系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系。通過(guò)遺傳進(jìn)化樹(shù)發(fā)現(xiàn)我田分離株與外源性美國(guó)代表株(AF108220)具有比較近的親源關(guān)系。