基于HMM模型的啟動子預(yù)測系統(tǒng)的設(shè)計與實現(xiàn).pdf

1、啟動子是基因表達調(diào)控中非常重要的一類順式作用元件，它決定著基因轉(zhuǎn)錄的起始位置和轉(zhuǎn)錄頻率，因此啟動子的研究對于闡釋基因表達調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的機制和基因組的功能都具有非常重要的意義。啟動子的識別作為啟動子研究的首要環(huán)節(jié)，正日益成為生物學(xué)研究的一個熱點。傳統(tǒng)啟動子識別是通過免疫沉淀、突變分析等生物學(xué)實驗來進行的，這些方法成本高，效率低，極大地限制了啟動子研究的進展，因此利用計算機領(lǐng)域新興的數(shù)據(jù)挖掘技術(shù)并開發(fā)相應(yīng)的軟件來進行啟動子預(yù)測已經(jīng)成為生物信息學(xué)

2、的一個重要方向。本文通過對啟動子的序列特征進行深入分析，利用隱馬爾科夫模型(簡稱為HMM)進行數(shù)學(xué)建模，設(shè)計并編碼實現(xiàn)了一個基于HMM的啟動子預(yù)測軟件系統(tǒng)。
　　 本研究獲得了以下結(jié)果：
　　 1、設(shè)計并實現(xiàn)了一個基于HMM的啟動子預(yù)測系統(tǒng)，包括序列輸入、預(yù)處理、模型訓(xùn)練、未知序列識別和結(jié)果輸出等部分。本系統(tǒng)能深入挖掘出啟動子序列的內(nèi)部統(tǒng)計學(xué)規(guī)律，建立相應(yīng)的HMM，用于進行啟動子預(yù)測。
　　 2、用人類啟動子序列