基于啟動(dòng)子信息預(yù)測(cè)人類基因的組織差異表達(dá).pdf

1、研究真核生物轉(zhuǎn)錄調(diào)控信號(hào)的編碼方式是理解多細(xì)胞復(fù)雜性的起源的關(guān)鍵所在；然而，人們對(duì)于真核生物基因調(diào)控的遺傳編碼方式仍然知之甚少。全面認(rèn)識(shí)啟動(dòng)子在轉(zhuǎn)錄調(diào)控中的作用是準(zhǔn)確重建基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的必需。為此，展開了關(guān)于近端啟動(dòng)子與其下游基因在79個(gè)人類組織上的表達(dá)水平的關(guān)系的研究。 首先，構(gòu)建了含有下游基因表達(dá)量信息的啟動(dòng)子數(shù)據(jù)集。使用GNF Atlas2基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)以及來(lái)源于DBTSS的啟動(dòng)子數(shù)據(jù)對(duì)各組織構(gòu)建了一套含有2000條啟動(dòng)子序

2、列的正、負(fù)數(shù)據(jù)集。然后，分析了啟動(dòng)子序列及元件的統(tǒng)計(jì)特征與基因表達(dá)水平的關(guān)系。結(jié)果表明，使用六聯(lián)體使用頻率以及7種常見的核心啟動(dòng)子元件的出現(xiàn)頻率作為特征可以區(qū)分高表達(dá)基因與低表達(dá)基因所對(duì)應(yīng)的啟動(dòng)子；進(jìn)而，研制了基于啟動(dòng)子序列及元件信息預(yù)測(cè)基因的組織差異表達(dá)的系統(tǒng)——DEPS。 對(duì)79個(gè)人類組織的5重交叉驗(yàn)證測(cè)試結(jié)果顯示，DEPS的平均敏感度、專一度、精確度和準(zhǔn)確度分別達(dá)到了76.1％、76.5％、76.5％和76.3％。并且，D