基于OpenMP的啟動子數(shù)據(jù)分析系統(tǒng)的設(shè)計與實現(xiàn).pdf_第1頁
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文檔簡介

1、本文對啟動子基因數(shù)據(jù)進行分析及處理，設(shè)計并實現(xiàn)了一個基于OpenMP的啟動子數(shù)據(jù)分析系統(tǒng)，針對大豆的植物啟動子序列進行分析。
　　首先，截取不同植物啟動子基因上游1KB區(qū)域的序列作為實驗數(shù)據(jù)，與固定的469個Motif元件進行定位工作。標識出這469個調(diào)控元件在1KB啟動子序列中的匹配次數(shù)及匹配位置。在匹配過程中，根據(jù)需求將匹配結(jié)果進行相應去重，利用現(xiàn)有軟件進行頻繁模式挖掘處理。其次，對頻繁械挖掘的結(jié)果文件進行P值計算，采用素數(shù)拆

2、分算法，提高了P值的計算精度。將頻繁調(diào)控元件組合文件以0.05/C(469，m)為標準進行過濾，保留有效的頻繁組合數(shù)據(jù)。最后，對異類植物啟動子序列經(jīng)處理之后的各自頻繁組合文件進行共享分析及處理，得到異類植物之間的共享頻繁調(diào)控元件，再進行GO功能注釋，從注釋結(jié)果中確定異類植物之間的啟動子序列所存在的相互關(guān)系，同時確定是否存在對基因起調(diào)控作用的序列，進而為后續(xù)基因研究工作提供參考數(shù)據(jù)。
　　在系統(tǒng)的實現(xiàn)過程中，由于基因數(shù)據(jù)量很大，所以

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