酵母核小體的進(jìn)化研究.pdf

1、核小體是細(xì)胞核中一種由DNA(脫氧核糖核苷酸)和組蛋白組成的復(fù)合結(jié)構(gòu)。在細(xì)胞的基因表達(dá)調(diào)控中，它有著重要的作用。一直以來，對不同基因組區(qū)域的核小體的分布的差異都有不同的解釋。一種觀點認(rèn)為這種差異主要是由順式作用引起的，即該區(qū)域的DNA序列差異導(dǎo)致了核小體的分布差異；而另外一種觀點認(rèn)為反式作用，即細(xì)胞內(nèi)的各種調(diào)控因子在這種差異形成的過程中起了主導(dǎo)作用。最近一些研究通過對釀酒酵母和雞的核小體分布進(jìn)行分析后發(fā)現(xiàn)，核小體的形成存在很強(qiáng)的序列偏好

2、性。例如，在啟動子接近起始密碼子的區(qū)域，往往存在一個核小體富集的區(qū)域；而在雞的實驗中，研究人員將提取出來的基因組序列與表達(dá)的組蛋白結(jié)合，再用微球菌酶進(jìn)行切割后，測序后發(fā)現(xiàn)，大部分基因組區(qū)域的核小體分布與原來是一樣的。以上都說明在物種內(nèi)的核小體分布的差異主要是由順式作用引起的。
　　 然而，目前還未見有關(guān)于物種間核小體位置差異的報道。我們知道物種的進(jìn)化其中一個很重要的就是基因表達(dá)水平的變化。弄清楚影響物種間核小體同源基因區(qū)域的核小

3、體分布差異的機(jī)制，將有助于我們理解基因表達(dá)調(diào)控的進(jìn)化，并且能更好地幫助我們理解順式和反式作用在物種進(jìn)化中的作用。
　　 為了驗證順式和反式作用在進(jìn)化中對酵母核小體分布差異的影響，我們設(shè)計了如下實驗。由本室陳智冬碩士從三個不同的酵母菌株361(S.cerevisiae)362(S.paradoxus)363(雜合子)分別提取他們的核小體，并且用illumina公司的SOLEXA測序儀進(jìn)行測序。測序結(jié)果返回后本人利用由華大基因開發(fā)的