海南沼蝦遺傳多樣性的研究.pdf

1、海南沼蝦(Macrobrachium hainanense)，隸屬于甲殼綱，十足目，長臂蝦科，沼蝦屬，是我國重要的淡水經(jīng)濟蝦類。因其在河口附近繁殖且耐低溫能力較弱，分布于浙江（甌江以南）、廣東、廣西、福建、海南等地入海的河流。海南沼蝦已應(yīng)用于雜交育種研究，但有關(guān)其遺傳多樣性研究迄今仍為空白。本文采用SRAP分子標(biāo)記技術(shù)對甌江、閩江、珠江、萬泉河、昌化江五個地理種群的海南沼蝦遺傳多樣性進(jìn)行了研究，并對珠江群體海南沼蝦的ITS-1序列進(jìn)行了

2、分析。
　　 ①海南沼蝦遺傳多樣性的研究
　　 本文通過優(yōu)化SRAP擴增的相關(guān)參數(shù)，建立了海南沼蝦的SRAP反應(yīng)體系。25μLSRAP擴增體系的最優(yōu)參數(shù)如下：10×PCR反應(yīng)緩沖液2.5μL,MgCl2(25mmoL/L)1.5μL，Taq DNA聚合酶(5U/μL)0.16μL，正反向引物(10μmol/L)各2.0μL，dNTP(2.5mmol/L)1.5μL，全基因組DNA(20ng/μL)1.0μL,ddH2O補

3、足。
　　 利用上述反應(yīng)體系，從30對SRAP引物組合中篩選出15對擴增穩(wěn)定且多態(tài)性較好的引物組合，并分析了甌江、閩江、珠江、萬泉河、昌化江五個地理種群海南沼蝦的遺傳多樣性。共得到了255個清晰、穩(wěn)定的位點，其中多態(tài)性位點為177個，多態(tài)性位點比例為69.4118％。五個地理種群多態(tài)性位點比例分別為47.45％、43.92％、53.33％、46.67％、43.92％;遺傳雜合度分別為0.1799、0.1657、0.1839、0.

4、1892、0.1763;Shannon信息指數(shù)分別為0.2746、0.2543、0.2876、0.2846、0.2658。兩兩群體間遺傳分化指數(shù)(Gst)值在0.0887-0.2702之間，基因流值(Nm)在1.9135-5.1366之間，遺傳距離值介于0.2472-0.3469之間，遺傳相似系數(shù)為0.6531-0.7528。AMOVA分析結(jié)果表明：群體的遺傳變異有17.64％是由群體間遺傳變異引起的，且群體間遺傳變異對總的遺傳變異影響

5、是顯著的(Pst＝0.176＞0.15)。聚類分析結(jié)果表明：五個地理種群海南沼蝦共分為兩個類群，昌化江群體單獨為一個類群；甌江、珠江群體在遺傳相似系數(shù)值為0.75時聚在一起；遺傳相似系數(shù)值為0.738-0.742時，甌江、珠江群體先后與閩江群體和萬泉河群體聚在一起；當(dāng)遺傳相似系數(shù)值為0.67時，五個群體聚在一起。
　　 ②海南沼蝦ITS-1序列分析
　　 采用青蝦（Macrobrachium nipponense）ITS

6、-1擴增引物，對珠江群體海南沼蝦基因組DNA進(jìn)行擴增，擴增出大小為2000bp左右的單一亮帶。用DNAStar軟件分析海南沼蝦ITS-1序列后得出：1）各海南沼蝦個體間的平均遺傳相似度為90.80357％，ITS-1片段長度在1630-1750bp之間；2)ITS-1序列中堿基A、G、C、G+C的含量百分比變化范圍分別為：27％-30％(A),27％-31％(G),14％-16％(C)，43％-46％(G+C);3)ITS-1全序列中含

7、有2個具有多態(tài)性的SSR位點，分別為位于258bp的(AG)n序列和1270bp的(GA)n序列。將海南沼蝦ITS-1標(biāo)準(zhǔn)序列進(jìn)行BLAST比對分析，結(jié)果表明：海南沼蝦同青蝦（M.nipponense）和刀額新對蝦（Metapenaeus ensis）都有較高的同源性。
　　 本文的研究填補了海南沼蝦遺傳多樣性研究的空白，將為海南沼蝦種質(zhì)資源的有效保護(hù)和合理地開發(fā)利用提供理論依據(jù)；同時也為海南沼蝦的遺傳學(xué)研究提供了新的分子標(biāo)記。