脊尾白蝦微衛(wèi)星分離及其遺傳多樣性分析.pdf

1、研究了近緣物種微衛(wèi)星標(biāo)記對脊尾白蝦的通用性。利用11對中國對蝦(Penaeus chinensis)的微衛(wèi)星引物對脊尾白蝦(Exopalaemon carinicauda)進行PCR擴增。經(jīng)過PCR條件優(yōu)化,有2對中國對蝦引物能在脊尾白蝦中重復(fù)穩(wěn)定地擴增出目的片段,分別為引物RS1101和引物72A64,且均能表現(xiàn)出多態(tài)性,可用于脊尾白蝦遺傳多樣性分析。利用磁珠富集法開發(fā)了脊尾白蝦微衛(wèi)星標(biāo)記并對其特征進行了分析。首先將脊尾白蝦基因組DN

2、A經(jīng)MboI酶切,連上接頭,構(gòu)建基因組PCR文庫,然后用生物素標(biāo)記的簡單重復(fù)序列(CA)16作探針與其雜交,雜交復(fù)合物結(jié)合到包被有鏈霉親和素的磁珠上,經(jīng)一系列的洗滌過程,去除磁珠表面不含有微衛(wèi)星的片段,最后將吸附在磁珠上的片段洗脫,PCR擴增,再進行克隆和測序,即可得到微衛(wèi)星序列。本研究選取61個陽性克隆,經(jīng)測序,共獲得32個微衛(wèi)星序列,其中:完全型微衛(wèi)星27個(84.38％),復(fù)合型微衛(wèi)星1個(3.13%),非完全型微衛(wèi)星4個(12.

3、5%);所得微衛(wèi)星中以CA/GT為重復(fù)單位的序列30個,占93.75%,重復(fù)次數(shù)在20次以上的微衛(wèi)星27個,占84.38%,最高重復(fù)次數(shù)為39次。用引物設(shè)計軟件Oligo6.0設(shè)計引物23對。利用微衛(wèi)星標(biāo)記研究了脊尾白蝦群體的遺傳多樣性。用所篩選到的10對微衛(wèi)星引物對江蘇連云港、浙江三門和福建連江3個脊尾白蝦群體的132尾個體基因組DNA進行PCR擴增,分析其群體遺傳多樣性。根據(jù)3個群體在10個微衛(wèi)星位點上的PCR擴增圖譜,計算出各群體

4、的遺傳多樣性參數(shù)。結(jié)果顯示:10個微衛(wèi)星位點分別擴增到等位基因數(shù)為6-12,共計89個,平均等位基因數(shù)為8.90,平均有效等位基因數(shù)為7.43,平均遺傳雜合度為0.863,平均多態(tài)信息含量為0.843,所有微衛(wèi)星位點均呈高度多態(tài)性(PIC＞0.5)。江蘇連云港、浙江三門和福建連江3個群體的平均遺傳雜合度分別為0.827、0.845、0.805;平均多態(tài)信息含量分別為0.792、0.815、0.771,說明這3個群體遺傳多樣性水平較高。3

5、個群體中,浙江三門群體與福建連江群體間的遺傳相似系數(shù)最高(0.6594),遺傳距離最小(0.4164),說明這2個群體親緣關(guān)系最近;江蘇連云港群體與福建連江群體間的遺傳相似性系數(shù)最低(0.6374),遺傳距離最大(0.4504),可推斷這2個群體親緣關(guān)系最遠。根據(jù)群體間的遺傳距離采用UPMGA法進行聚類分析,結(jié)果顯示:浙江三門群體與福建連江群體首先聚為一支,然后再與江蘇連云港群體聚為一支。聚類分析結(jié)果說明,江蘇連云港群體與其他2個群體親