醫(yī)學(xué)信息檢索概述ppt課件

1、1,醫(yī)學(xué)信息檢索與利用概述,,2,課程主要安排:,緒論（基礎(chǔ)概念、理論）中文期刊摘要庫CBM外文期刊摘要庫PubMed 公共免費(fèi)學(xué)術(shù)資源 中、外文全文數(shù)據(jù)庫文獻(xiàn)管理工具 特種文獻(xiàn)與開放存取OA上機(jī)實(shí)習(xí)(條件允許),3,第一部分：基本概念第二部分：檢索技術(shù)第三部分：醫(yī)學(xué)常用數(shù)據(jù)庫第四部分：檢索案例分析,4,世界醫(yī)學(xué)協(xié)會赫爾辛基宣言,涉及人體的醫(yī)學(xué)研究必須遵從普遍接受的科學(xué)原則，應(yīng)對科學(xué)文獻(xiàn)和相關(guān)資料全面了解，并有充分的

2、實(shí)驗(yàn)和動物試驗(yàn)（如有必要）的基礎(chǔ)上進(jìn)行。 ------世界醫(yī)學(xué)協(xié)會赫爾辛基宣言,,概述,5,第一部分：基本概念,6,7,文 獻(xiàn),文獻(xiàn)（Document, Literature）是指記錄著知識的一切載體；醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)就是記錄著醫(yī)學(xué)知識、信息的物質(zhì)載體，如醫(yī)學(xué)圖書、期刊、會議錄等等。,概述,,8,印刷型,縮微型,電子文獻(xiàn),

3、按載體形式劃分,文獻(xiàn)的類型（按載體形式劃分）,,9,印刷型文獻(xiàn),圖書,期刊,報(bào)紙,特種文獻(xiàn),圖書,圖書,圖書,圖書,期刊,報(bào)紙,報(bào)紙,報(bào)紙,圖書,圖書,期刊,期刊,期刊,期刊,期刊,期刊,期刊,特種文獻(xiàn),特種文獻(xiàn),特種文獻(xiàn),期刊,10,圖 書（Books）,國內(nèi)外公開出版的圖書都有ISBN碼（International Standard Book Number) 國內(nèi)外公開出版的期刊都有ISSN碼（International St

4、andard Series Number)一般閱讀類書籍：注意選用經(jīng)典教科書、瀏覽本專業(yè)或相關(guān)專業(yè)領(lǐng)域中的新書參考工具書：注意利用字（詞）典、手冊、指南、年鑒、以及網(wǎng)絡(luò)上的在線詞典和大型參考數(shù)據(jù)庫,11,ISBN號內(nèi)容系統(tǒng)理論成熟新穎性較差,圖書,期刊,ISSN號內(nèi)容不系統(tǒng)理論不成熟新穎性較好,報(bào)紙,消息、報(bào)道專業(yè)性不強(qiáng)不適宜作學(xué)術(shù)論文引用源,12,電子版書、刊/e-book，e-journal，及其它文獻(xiàn),印刷版

5、書、刊/print，及其它文獻(xiàn),13,,,香港大學(xué) 館藏縮微型文獻(xiàn)示例,14,,,15,,,16,,,17,一次文獻(xiàn)（原始文獻(xiàn)) 二次文獻(xiàn) (書目文獻(xiàn)、索引） 三次文獻(xiàn)（教科書、參考工具書、綜述等）零次文獻(xiàn)（私人筆記、試驗(yàn)記錄、設(shè)計(jì)草圖、口頭交流的信息等）,按加工層次劃分,文獻(xiàn)的類型（按加工層次劃分）,,18,一次文獻(xiàn) Primary Document,又稱原始文獻(xiàn)。主要包括專著、期刊論文、科技報(bào)告、會議文獻(xiàn)、學(xué)位論文、技術(shù)

6、標(biāo)準(zhǔn)、檔案資料以及專利文獻(xiàn)等具有創(chuàng)造性、新穎性、先進(jìn)性和成熟性。是科研人員參考、學(xué)習(xí)、借鑒和利用的最基本、最主要的文獻(xiàn)類型但數(shù)量龐大、類型復(fù)雜、語種繁多、發(fā)表分散，需借助二、三次文獻(xiàn)才能有效利用,中文期刊中通常以“論著”“研究報(bào)告”等形式出現(xiàn)；外文期刊通常以 “original article” “journal article” “research article”等形式出現(xiàn),19,二次文獻(xiàn) Secondary Documen

7、t,指各種目錄、索引、文摘等檢索工具或書目型數(shù)據(jù)庫。其主要功能是揭示和報(bào)道一次文獻(xiàn)，提供查找原始文獻(xiàn)的線索具有簡明性、濃縮性、匯集性和系統(tǒng)性的特點(diǎn)，是文獻(xiàn)信息檢索的主體二次文獻(xiàn)僅僅是對收集到的一次文獻(xiàn)進(jìn)行加工整理，著錄文獻(xiàn)特征，標(biāo)引查找線索，但不會改變一次文獻(xiàn)原有的內(nèi)容,20,三次文獻(xiàn) Tertiary Document,指由各專家學(xué)者對大量的一次文獻(xiàn)進(jìn)行分析、綜合、提煉、重組而形成的再生文獻(xiàn)，是在原始文獻(xiàn)的基礎(chǔ)上進(jìn)行再創(chuàng)作的成果

8、包括綜述、評論、進(jìn)展、預(yù)測等，各類詞典、手冊、年鑒、百科全書、教科書等各類參考工具書也屬三次文獻(xiàn)的范疇,特點(diǎn)：具有海量信息，匯集知識系統(tǒng)性、針對性和綜合性強(qiáng)，參考價(jià)值大等特點(diǎn)，也是科研人員獲取文獻(xiàn)信息的重要來源。中文期刊：綜述、述評外文期刊：review,21,期刊影響因子：反映期刊的整體水平,期刊影響因子（Impact Factor, IF）指期刊近兩年的平均被引用率，最早是由美國情報(bào)學(xué)家SCI創(chuàng)始人尤金加菲爾德(Eugene

9、 Garfield)博士在1972年提出來的 IF=(C2+C3)/(A2+A3),概述,,22,一種新的出版模式：公開獲取（OA）示例OA Journal Successes: PLoS Biology,features works of exceptional significance in all areas of biological science,

10、 from molecules to ecosystems, including works at the interface with other disciplines, such as chemistry, medicine, and mathematicsPublic Library of Scienceimpact factor: 14.7,,概述,23,核心期刊：反映期刊的整體水平,核心期刊（Core Journal

11、） 是指那些發(fā)表該學(xué)科（或該領(lǐng)域）論文較多、使用率（含被引率、摘轉(zhuǎn)率和流通率）較高、學(xué)術(shù)影響較大的期刊 它們具有數(shù)量少（一般占期刊總數(shù)的5-15%），但信息量大（占期刊信息量的50%以上）瀏覽核心期刊可在較短的時(shí)間 內(nèi)掌握較多的信息，了解最新的科研動態(tài)等,概述,,24,國際三大索引： SCI《科學(xué)引文索引》: Science Citation Index EI《工程索引》: The Engineering In

12、dex ISTP《科技會議錄索引》: Index to Scientific & Technical Proceedings 國內(nèi)三大自科核心期刊目錄中文核心期刊(醫(yī)學(xué):223種) --- 北京大學(xué)圖書館中國科技論文統(tǒng)計(jì)源期刊---中國科學(xué)技術(shù)信息研究所中國科學(xué)引文數(shù)據(jù)庫(CSCD) ---中國科學(xué)院文獻(xiàn)情報(bào)中心,,核心期刊,概述,25,核心期刊的意義,反映期刊的整體學(xué)術(shù)水平；提高閱讀效率；對于數(shù)據(jù)庫檢索系統(tǒng)來

13、說，是“好”文獻(xiàn)的過濾器（filter）（在線瀏覽）,概述,26,醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)的現(xiàn)狀和發(fā)展趨勢,數(shù)量大、增長快出版類型復(fù)雜多種內(nèi)容分散、交叉、重復(fù) 新陳代謝頻繁、傳播迅速,概述,,27,醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)的增長情況,,概述,28,8000 articles published per day25,000 biomedical journals in print1500 medical articles onto Medline

14、per day,What’s so difficult about medical articles?,概述,,29,信息檢索的基本原理,信息存儲時(shí)，將采集到的大量分散的源信息（一次文獻(xiàn)），經(jīng)過標(biāo)引著錄，加工整理，使之有序化后形成各類信息集合（數(shù)據(jù)庫） 信息檢索時(shí)，將要查找的信息特征標(biāo)識與信息集合中已存儲的信息特征標(biāo)識進(jìn)行比較、匹配，雙方特征標(biāo)識完全一致或部分一致時(shí)，檢索即為命中,概述,30,信息檢索的基本原理示意

15、圖,,文獻(xiàn)信息,檢索標(biāo)識,數(shù)據(jù)庫,,,標(biāo)引,,存儲,檢索表達(dá)式,檢索提問,,,規(guī)范檢索語言,檢索,,匹配運(yùn)算,輸出檢索結(jié)果,采集,31,分 類,按檢索對象劃分： 數(shù)據(jù)檢索(data retrieval) 事實(shí)檢索(fact retrieval) 文獻(xiàn)檢索(literature retrieval)按檢索技術(shù)手段劃分： 手工檢索 計(jì)算機(jī)檢索 網(wǎng)絡(luò)查詢與交流,確定性檢索，可直接獲得解答,概述,32,數(shù)據(jù)檢

16、索,又稱數(shù)值檢索，檢索對象為特定的數(shù)值數(shù)據(jù)，主要回答“是多少”一類的問題，屬于確定性檢索的范圍。如：物質(zhì)的各種參數(shù)、電話號碼、銀行帳號、各類統(tǒng)計(jì)數(shù)字、化學(xué)藥物的理化常數(shù)，常用計(jì)量等 數(shù)據(jù)檢索需借助相關(guān)的參考工具書或通過數(shù)值型數(shù)據(jù)庫,概述,33,事實(shí)檢索,又稱事項(xiàng)檢索，檢索對象為特定的事實(shí)，主要回答“是誰”或“是什么”一類的問題，也屬于確定性檢索。如：名詞、概念、標(biāo)準(zhǔn)、法律法規(guī)等 事實(shí)檢索主要借助參考工具書或

17、事實(shí)型數(shù)據(jù)庫。如美國MedlinePlus平臺的drug information，dictionary等數(shù)據(jù)庫,概述,34,文獻(xiàn)（型）檢索,以某些特定的文獻(xiàn)為檢索對象，檢索結(jié)果是關(guān)于某一課題的切題文獻(xiàn)或相關(guān)文獻(xiàn)。如：查國內(nèi)外近五年關(guān)于“早老素與老年癡呆的關(guān)系”方面的研究文獻(xiàn) 文獻(xiàn)檢索屬于相關(guān)性檢索，系統(tǒng)僅提供相關(guān)的文獻(xiàn)線索、文獻(xiàn)摘要或全文以供檢索者參考閱讀和分析研究 文獻(xiàn)檢索借助手工檢索工具或大型期刊文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫（書

18、目型或全文型數(shù)據(jù)庫）,概述,35,數(shù)值數(shù)據(jù)庫(Numeric Database)存儲各種統(tǒng)計(jì)、實(shí)驗(yàn)、測量等方面的數(shù)據(jù)事實(shí)數(shù)據(jù)庫(Fact Database)存儲描述事物等信息的情況過程和現(xiàn)象的事實(shí)（如各類電子版字辭典）文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫（Literature Database),數(shù)據(jù)庫類型,概述,36,文獻(xiàn)型數(shù)據(jù)庫,書目數(shù)據(jù)庫(Bibliographic Database)存儲文獻(xiàn)的外部特征，主要包括文獻(xiàn)的題名、著者、著者單位

19、、所載期刊刊名，出版年、卷、期和起止頁碼，可以包括摘要，但不包括文獻(xiàn)的全文全文數(shù)據(jù)庫(Full Text Database)與書目數(shù)據(jù)庫相對而言。主要存儲原始文獻(xiàn)的全文，如期刊論文、報(bào)紙新聞、法律法規(guī)、政府出版物等,概述,37,文獻(xiàn)型數(shù)據(jù)庫的一般結(jié)構(gòu),數(shù)據(jù)庫 （data bank） 文檔 （file，通常按年限劃分）—記錄（record，單元論文）字段（field）字段用來記錄和描述每篇文獻(xiàn)的外表特征和內(nèi)容特征。（如：

20、題名、作者、摘要）,概述,38,數(shù)據(jù)庫常見字段,題名（Title, TI） ★著者（ Author, AU） ★著者單位地址（Address, AD）出處（Source, SO） ★摘要（ Abstracts, AB） 文獻(xiàn)類型（Publication type, PT）文獻(xiàn)題錄三要素（線索）：題名 著者 出處,題錄,,,,概述,39,第二部分：檢索技術(shù),40,不論是最早的單機(jī)或聯(lián)機(jī)檢索，或是目前流行的網(wǎng)絡(luò)查詢，

21、一般使用的檢索技術(shù)主要包括：布爾邏輯檢索截詞檢索鄰近檢索（位置檢索）字段限定檢索網(wǎng)絡(luò)信息檢索規(guī)則,概述,41,1. 布爾邏輯檢索技術(shù),布爾邏輯檢索是建立最早、應(yīng)用最為廣泛的檢索理論和檢索技術(shù)，也是最簡單、最基本的計(jì)算機(jī)檢索的匹配模式邏輯檢索以布爾邏輯表達(dá)式來表達(dá)用戶的檢索要求，并通過邏輯運(yùn)算符連接兩個以上的檢索詞，從而實(shí)現(xiàn)兩個以上概念的邏輯組配檢索,概述,42,布爾邏輯示意圖,運(yùn)算符：AND，*起縮小檢索范圍，提高

22、查準(zhǔn)率的作用,運(yùn)算符：OR，+起擴(kuò)大檢索范圍，提高查全率的作用,運(yùn)算符：NOT，-起縮小檢索范圍，用于去除檢出文獻(xiàn)中不需要的部分,邏輯與,邏輯或,邏輯非,43,布爾邏輯表達(dá)式,child and asthma 小兒哮喘lung cancer and smoking 吸煙與肺癌trace elements not zinc 除鋅以外的微量元素肝癌或肝細(xì)胞瘤的診斷 (肝癌 or 肝細(xì)胞瘤) and 診斷優(yōu)先級：

23、（ ）>NOT >AND >OR,概述,44,布爾運(yùn)算符在不同的檢索系統(tǒng)中有不同的表達(dá)方式（在線瀏覽）清華同方的“中國學(xué)術(shù)期刊全文庫”CBMPubMedGoogleet al.,概述,45,2. 截詞檢索技術(shù),截詞檢索(Truncation)是將檢索詞截?cái)?，取其中的一部分片段，再加上截詞符號一起輸入計(jì)算機(jī)，系統(tǒng)自動將詞片段與數(shù)據(jù)庫中的索引詞匹配，凡含有該詞片段的文獻(xiàn)均被檢出。截詞方式主要有：右截詞

24、符 “*” （*=0-n個字符）中間截詞符 “ ？” (？=0-1個字符),輸入Pain*，即可檢出：Pain, painful, painless, painness， painkiller,概述,46,3. 網(wǎng)絡(luò)信息檢索規(guī)則,包含或排除檢索（加減檢索）：+，-詞組檢索（強(qiáng)制檢索）： “ ”自然語言檢索：任意詞或句子模糊檢索：可以自動修正提問錯誤，給出正確信息概念檢索：系統(tǒng)自動對某一概念詞及其同義詞或近義詞加以識別并自動

25、匹配檢索多語種檢索：系統(tǒng)自動翻譯轉(zhuǎn)換不同語種,概述,47,檢索技術(shù)的發(fā)展趨勢,目前信息檢索技術(shù)正逐步從書目檢索向全文檢索和多媒體檢索方向發(fā)展，智能化檢索將成為未來計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)信息檢索的發(fā)展趨勢在學(xué)習(xí)應(yīng)用傳統(tǒng)檢索技術(shù)的同時(shí)，也要不斷地注意學(xué)習(xí)更先進(jìn)的檢索技術(shù),概述,48,文獻(xiàn)檢索語言概述,文獻(xiàn)檢索語言是根據(jù)文獻(xiàn)信息檢索的需要而創(chuàng)制的一種人工語言，又叫做文獻(xiàn)存儲或檢索語言（標(biāo)引、索引、檢索語言）文獻(xiàn)信息檢索語言既是匯集、組織、存

26、儲文獻(xiàn)的手段和工具，又是溝通文獻(xiàn)管理者、文獻(xiàn)用戶、以及文獻(xiàn)作者三方的橋梁系統(tǒng)學(xué)習(xí)了解有關(guān)檢索語言的基本知識是提高檢索效率的重要環(huán)節(jié),概述,49,檢索步驟小結(jié),分析檢索課題 選擇數(shù)據(jù)庫 選擇檢索途徑 確定檢索詞 構(gòu)筑檢索提問式并作檢索操作調(diào)整檢索策略 輸出檢索結(jié)果獲取原始文獻(xiàn) 創(chuàng)建文獻(xiàn)跟蹤服務(wù),概述,,50,第三部分：醫(yī)學(xué)常用數(shù)據(jù)庫,51,圖書館的基本服務(wù)項(xiàng)目,藏書建設(shè)（書刊采購、文獻(xiàn)編目）圖書借還、新書介紹

27、、圖書導(dǎo)讀電子文獻(xiàn)閱覽（多媒體、視聽資料、圖書館局域網(wǎng)絡(luò)技術(shù)服務(wù)）報(bào)刊閱覽、文獻(xiàn)復(fù)制、文獻(xiàn)傳遞讀者培訓(xùn)（信息檢索課教學(xué)、組織專題講座）參考咨詢（委托檢索、定題服務(wù)、深層指導(dǎo)）學(xué)術(shù)研究、數(shù)字化文獻(xiàn)信息開發(fā)、信息管理,52,全文型數(shù)據(jù)庫(一次文獻(xiàn)) Elsevier(MD consult)、 Wiley 、Springer、EBSCO host、Proquest、 Karger、BMJ、OVID(LWW) 、BMC、

28、Pubmed central、PLoS、CHKD、萬方數(shù)據(jù)、維普…文摘型數(shù)據(jù)庫(二次文獻(xiàn)) Medline(Pubmed)、Embase、SCI、CBMdisc …事實(shí)型數(shù)據(jù)庫(三次文獻(xiàn)) Clinical Evidence、Cochrane library…,常用醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫的類型,,概述,53,,圖書館網(wǎng)址：210.38.58.8,廣醫(yī)醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)資源,概述,54,1、總體情況,55,,2、電子期

29、刊,56,,,2、電子期刊（摘要及全文型）,,57,第四部分：檢索案例分析,58,檢索獲取醫(yī)學(xué)專業(yè)信息的意義,1、科學(xué)研究的需要確定研究方向借鑒研究方法……2、臨床診療的需要借鑒同行新的診療方法循證醫(yī)學(xué)的需要醫(yī)療事故鑒定……3、科研管理、人才評價(jià)的需要追蹤某一機(jī)構(gòu),某個團(tuán)體或個人的研究熱點(diǎn)尋求合作方向,59,案例分析：,我校組建免疫研究所，引進(jìn)人才前的準(zhǔn)備工作(文獻(xiàn)學(xué)指標(biāo)和核心成果的評價(jià))個人信息，工作經(jīng)歷

30、發(fā)文情況:發(fā)文量SCI發(fā)文量F１０００發(fā)文量ESI：高引被引情況:關(guān)鍵論文的被引頻次專利情況在研項(xiàng)目獲得獎項(xiàng)……對關(guān)鍵科研成果的分析，形成評價(jià)報(bào)告,60,擬引進(jìn)人才：Ferrandon Dominique, FRANCE,61,個人信息，工作經(jīng)歷，研究興趣來源：個人網(wǎng)頁，直接接觸，溝通交流發(fā)文量等文獻(xiàn)學(xué)評價(jià)信息來源：公開的專業(yè)數(shù)據(jù)庫，專業(yè)網(wǎng)站在研項(xiàng)目，獲獎情況：個人網(wǎng)頁或機(jī)構(gòu)網(wǎng)頁核心成果評析：通過文獻(xiàn)學(xué)

31、指標(biāo)和專業(yè)知識確定核心文獻(xiàn)，研讀,62,個人信息，教育程度，工作經(jīng)歷，研究領(lǐng)域,Born 25/3/1963，Maried, 2 children法國斯特拉斯堡大學(xué)分子與細(xì)胞生物學(xué)研究所 ,分子與細(xì)胞生物學(xué)研究所，昆蟲免疫應(yīng)答和發(fā)育實(shí)驗(yàn)室（UPR 9022 CNRS ） Equipe Fondation Recherche Médicale, UPR 9022 du CNRS, Université de

32、 Strasbourg, Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire, 15, rue R. Descartes, F67084 Strasbourg Cedex, France. D.Ferrandon@ibmc-cnrs.unistra.fr ） 研究領(lǐng)域，research interests： Innate immunity of insects, host-pat

33、hogen relationships of bacterial and fungal pathogens,63,各指標(biāo)情況:,發(fā)文量：PubMed, 40SCI收錄：43（自然科學(xué)，含有其它學(xué)科）F1000：6篇ESI：1篇關(guān)鍵論文約8篇,被引頻次(見報(bào)告)專利情況:所在團(tuán)隊(duì)有19項(xiàng)專利獎項(xiàng):重要獎項(xiàng)6項(xiàng)在研項(xiàng)目:3項(xiàng)等等,64,課后思考及練習(xí)題,請瀏覽廣州醫(yī)科大學(xué)圖書館網(wǎng)站資源及各服務(wù)項(xiàng)目（http://210.38