HCV基因分型及基于基因型的抗原表位預(yù)測研究.pdf

1、丙型肝炎病毒（HepatitisCVirusHCV）是慢性肝病的主要病原體，全球約有1.7億感染者，我國HCV感染率為3.2％，感染者約3800萬。70％以上的HCV感染者將發(fā)展成慢性感染，感染20年后有10％～20％慢性患者發(fā)展至肝硬化，感染30年后有1％～5％慢性患者發(fā)展為肝癌。目前對(duì)于慢性HCV感染，主要治療手段是長效干擾素（pegylatedInterferonPEG-IFN）聯(lián)合利巴韋林的抗病毒治療，其有效率只有約50％。因此

2、研制安全有效的預(yù)防性及治療性丙型肝炎疫苗意義重大。 但目前尚未研制出有效的丙型肝炎疫苗。以抗原表位預(yù)測為基礎(chǔ)，化學(xué)合成或基因克隆串聯(lián)表達(dá)抗原表位產(chǎn)生的HCV多價(jià)表位疫苗成為近年來新的研究趨勢。本文根據(jù)HCV基因組變異和基因型分布特點(diǎn)，提出根據(jù)地區(qū)基因型分布特點(diǎn)，針對(duì)該地區(qū)主要分布的基因型來研制丙型肝炎疫苗的思想。用生物信息學(xué)方法系統(tǒng)地預(yù)測分析了我國主要分布的基因型HCV的抗原表位。 由于HCVRNA聚合酶缺乏校正功能，致

3、使基因組有很高的異質(zhì)性。根據(jù)基因組的變異程度至少可將HCV分為6個(gè)基因型，各基因型又可分為多個(gè)亞型。目前已經(jīng)明確HCV基因型與肝病的嚴(yán)重程度、肝癌的發(fā)病率以及治療效果均有密切關(guān)系。但是HCV基因分型的方法有多種，基因分型的區(qū)域也有多個(gè)，尚未建立“金標(biāo)準(zhǔn)”。因此本文第一部分采用系統(tǒng)進(jìn)化樹重建的方法比較了HCV常用的幾個(gè)基因分型區(qū)域的分型效果，包括5'UTR、core、E1、E2和NS5B區(qū)，首次使用生物信息學(xué)方法證明了NS5B區(qū)是代替全基

4、因組進(jìn)行基因分型的最佳區(qū)域。 我國HCV主要基因型為1b、2a型，在港澳地區(qū)、華南、西南等邊境省份6a型比例較大。本文第二部分預(yù)測分析了這3種基因型HCV的B細(xì)胞抗原表位、CD8+T細(xì)胞抗原表位和CD4+T細(xì)胞抗原表位，經(jīng)過嚴(yán)格篩選評(píng)估，獲得了優(yōu)勢抗原表位的具體定位和氨基酸序列，為研制針對(duì)我國主要基因型HCV的多價(jià)表位疫苗以及將3種基因型優(yōu)勢抗原表位串聯(lián)針對(duì)異源性HCV的多價(jià)表位疫苗提供實(shí)驗(yàn)基礎(chǔ)。 第三部分根據(jù)研究的需要