不同地區(qū)傳統(tǒng)乳制品中乳明串珠菌的多位點(diǎn)序列分型研究.pdf

1、本研究以50株分離自不同少數(shù)民族地區(qū)傳統(tǒng)乳制品中的乳明串珠菌（蒙古國(guó)13株、四川19株、甘肅10株、青海6株、內(nèi)蒙古2株）為研究對(duì)象，采用多位點(diǎn)序列分型（Multilocus sequence typing，MLST）方法，通過(guò)對(duì)其持家基因（pyrG、rpoB、groEL、recA、uvrC、carB、murC、pheS）的序列測(cè)試，完成了乳明串珠菌的多態(tài)性分析和遺傳進(jìn)化研究。
　　采用雙端測(cè)序的方法獲得高質(zhì)量目的基因序列，將其拼

2、接、比對(duì)后獲得菌株不同的序列型（Sequence type，ST），并采用生物信息學(xué)方法對(duì)等位基因的序列型和聯(lián)合序列的遺傳多態(tài)性進(jìn)行分析，結(jié)果表明：
　?。?）50株試驗(yàn)菌株共分為20個(gè)ST型，其中數(shù)量最多的 ST型為 ST-14（21株），主要分離自蒙古國(guó)和四川。8個(gè)持家基因的多態(tài)性位點(diǎn)數(shù)在3-9之間，G+C%含量在43.12%-48.31%，dN/dS值0.000-0.0349，說(shuō)明持家基因受到外界選擇壓力的影響較小，具有很好

3、的連鎖不平衡性（SIA為0.6246）。
　?。?）采用eBURST分析，形成8個(gè)序列型組，其中有6個(gè)ST型為獨(dú)特型，2個(gè)克隆復(fù)合體CC14和CC1。CC14是以ST-14為中心的克隆復(fù)合體（占總分離株的42%），即以四川和蒙古國(guó)地區(qū)分離得到的菌株親緣關(guān)系較近；CC1是以ST-1為中心的克隆復(fù)合體，即甘肅地區(qū)的菌株是可能的CC1祖先菌。
　?。?）依據(jù)ST型構(gòu)建最小生成樹(shù)，發(fā)現(xiàn)分離自同一地區(qū)的菌株間系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系最近，表明菌株