il1b31cc511tt基因型h.pylori相關(guān)cag全基因表達(dá)譜的研究

1、同濟(jì)大學(xué)醫(yī)學(xué)院博士學(xué)位論文IL-1B-31CC/-511TT基因型H.pylori相關(guān)CAG全基因表達(dá)譜的研究姓名：王韶英申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別：博士專業(yè)：外科學(xué)指導(dǎo)教師：陳錫美20090501摘要對(duì)象和方法1 ．對(duì)因慢性上消化道癥狀而行胃鏡檢查的患者，通過胃鏡和病理診斷入選C A G 患者。留取胃竇粘膜活檢組織和血樣本。并對(duì)樣本進(jìn)行I L 一1 B 一3 1 ／一5 1 1 多態(tài)性測(cè)序分型、免疫印跡鼠p y l o r 血清分型、快速尿素酶試驗(yàn)

2、和組織學(xué)檢查。2 ．胃竇胃鏡活檢組織抽提R N A ，應(yīng)用A g i l e n t 人全基因表達(dá)譜：簽片( G 4 1 1 2 F )進(jìn)行檢測(cè)，比較I L 一1 B 一3 1 C C ／一5 1 1 T T 基因型與I L - I B 一3 1 T T ／- 5 1 1 C C 基因型C A G 各6例的基因表達(dá)譜，篩選與I L 一1 B 一3 1 C C ／一5 1 1 T T 基因型相關(guān)差異基因，并進(jìn)一步進(jìn)行G 0 分析。3 ．抽

3、提胃竇組織R N A ，全基因表達(dá)譜檢測(cè)應(yīng)用A g i l e n t 人全基因組寡核苷酸芯片( G 4 1 1 2 F ) 進(jìn)行。比較攜I L - I B - 3 1 C C ／一5 1 1 T T 基因型慢性萎縮性胃炎丘p y l o r i感染組和t Z ．p y J o r i 陰性組各3 例的全基因表達(dá)譜。篩選差異基因進(jìn)行G O 和P a t h w a y 分析，并行q R T - P C R 驗(yàn)證芯片結(jié)果。丘p y l o

4、 r i F H 性組進(jìn)行免疫印跡法血清分型檢測(cè)。4 ．根據(jù)最新研究，選擇胃癌易感性相關(guān)基因S N P 位點(diǎn)：I L 一1 B 、I F N —y 、L T A 、I L - 8 、I L - I O 、T N F _ Q 及M I F 7 個(gè)基因上1 2 個(gè)S N P 位點(diǎn)，設(shè)計(jì)、篩選引物。對(duì)4 9 例慢性萎縮性胃炎患者的全血D N A ，選定引物、P C R 擴(kuò)增，產(chǎn)物純化后進(jìn)行S a n g e r法測(cè)序，檢測(cè)I L 一1 B 一

5、3 1 ／一5 1 l 位點(diǎn)S N P 基因型，其中2 0 例患者同樣方法檢測(cè)其余1 0 個(gè)S N P 位點(diǎn)基因型。優(yōu)化用于胃癌易感基因S N P 檢測(cè)芯片分析的多重P C R 體系，設(shè)計(jì)、合成并優(yōu)化探針。芯片點(diǎn)樣儀進(jìn)行胃癌易感基因S N P 檢測(cè)芯片的點(diǎn)制。用一例測(cè)序樣本對(duì)：棗片結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證。結(jié)果1 ．6 8 例C A G 患者中入選4 9 例進(jìn)行測(cè)序。結(jié)果1 2 例合格病例被入選進(jìn)行I L 一1 B - 3 1 C C ／- 5 1

6、 1 T T 基因型C A G 全基因表達(dá)譜特點(diǎn)的研究，6 例滿足要求的病例入組用于衄p y l o r l 陽性I L 一1 B 一3 1 C C ／一5 1 1 T T 基因型C A G 的分子表型特點(diǎn)進(jìn)行研究。2 ．與I L —l B 一3 1 C C ／一5 1 1 T T 基因型相關(guān)的慢性萎縮性胃炎差異基因共有3 0 7個(gè)，上調(diào)2 4 4 個(gè)，下調(diào)6 3 個(gè)；差異基因G O 術(shù)語注釋主要涉及大分子代謝、翻譯后蛋白修飾、泛素循環(huán)

7、、蛋白激酶級(jí)聯(lián)反應(yīng)等；可能最具生物學(xué)活性基因包括下調(diào)基因P C S K 5 ，上調(diào)基因P R K C A 、N P L O C 4 、T R I B 3 、M A P K A P K 3 等。3 ．?dāng)yI L 一1 B 一3 1 C C ／一5 1 1 T T 基因型慢性萎縮性胃炎丘p y l o r i 感染組和彪p y l o r i 陰性組的全基因表達(dá)譜共篩選出差異基因1 2 4 個(gè)，上調(diào)7 3 個(gè)，下調(diào)5 1 個(gè)，兩組樣本同樣能被