廣西HP-PRRSV流行毒株遺傳進(jìn)化研究.pdf

1、為了解廣西PRRSV的變異情況及分子遺傳特征，從臨床發(fā)病死亡豬采集組織接種Marc-145細(xì)胞分離病毒，取產(chǎn)生典型細(xì)胞病變(CPE)的病毒液經(jīng)RT-PCR及間接熒光抗體試驗(IFA)鑒定，證實分離到3個病毒株，分別命名GX1001、GX1002和GX1003株。采用RT-PCR分段擴(kuò)增3個分離株的基因片段，經(jīng)克隆、測序、拼接，獲得3個分離株的全基因序列。結(jié)果，不包括poly(A)尾，GX1001、GX1002和GX1003株基因組全長分

2、別為15329 nt、15318nt和15320nt。同源性分析表明，3個分離株間全基因組核苷酸及其推導(dǎo)氨基酸序列同源性分別為99.3％～99.4％和99.5％～99.7％，與國內(nèi)外美洲型參考毒株間的同源性分別為84.9％～99.5％和74.9％～99.5％，與歐洲型參考毒株間的同源性分別為61.5％～61.9％和51.0％～51.5％。序列分析表明，3個分離株的NSP2編碼區(qū)均存在第481位aa和533～561位aa30個氨基酸的不連

3、續(xù)缺失，具有PRRSV高致病性變異毒株（HP-PRRSV）的遺傳特征，但在不同區(qū)域出現(xiàn)新的突變、缺失及插入等變異現(xiàn)象。遺傳進(jìn)化分析表明，所有美洲型毒株可以分為4個亞群，GX1001、GX1002和GX1003株均屬于以高致病性JXA1株為代表的第4亞群。表明，本研究獲得的PRRSV廣西地方分離株GX1001、GX1002和GX1003株均屬于HP-PRRSV，但其基因組在不同區(qū)域發(fā)生了新的遺傳變異現(xiàn)象。
　　 本文為研究在免疫壓

4、力下HP-PRRSV田間流行毒株的遺傳進(jìn)化情況，2011-2012年在廣西境內(nèi)定點四個規(guī)模豬場（其中兩個不免疫PRRSV疫苗，另外兩個免疫PRRSV疫苗），每個季度采集一定數(shù)量的血清及組織病料進(jìn)行PRRSV抗體及病原檢測。結(jié)果，四個豬場每個季度的平均PRRSV抗體水平（S/P均值）都在陽性臨界值以上，血清樣品陽性率為45.7％～96.7％;通過RT-PCR及克隆技術(shù)，在四個豬場獲得Nsp2基因序列91個，ORF5、ORF6、ORF7基因

5、序列各98個。分析顯示，所得到的基因序列都屬于美洲型毒株，Nsp2、ORF5、ORF6、ORF7基因序列間核苷酸及其推導(dǎo)氨基酸序列的同源性分別是90.1％～100％和91.6％～100％、83.3％～100％和81.1％～100％、96.6％～100％和96.0％～100％、86.0％～100％和87.9％～100％。4個豬場中的PRRSV流行毒株，其Nsp2、ORF5、ORF6、ORF7基因的平均進(jìn)化速率分別為4.30×10-4、4.

6、09×10-5、2.65×10-6、4.89×10-6 substitutions/site/day，表明在4個基因中，Nsp2基因最容易發(fā)生變異，其次是ORF5基因，然后是ORF7基因，而ORF6基因最穩(wěn)定。非免疫豬場Nsp2、ORF5、ORF6、ORF7基因的平均進(jìn)化速率為4.18×10-4、3.98×105、2.59×10-6和4.84×10-6 substitutions/site/day，免疫豬場Nsp2、ORF5、ORF6、

7、ORF7基因的平均進(jìn)化速率為4.42×10-4、4.20×10-5、2.71×10-6和4.93×10-6 substitutions/site/day，表明與非免疫豬場中的PRRSV流行毒株相比，免疫豬場中PRRSV流行毒株的Nsp2、ORF5、ORF6、ORF7基因的進(jìn)化速率要快。本研究分析了HP-PRRSV田間流行毒株在免疫壓力下的遺傳進(jìn)化情況，為掌握廣西HP-PRRSV的分子流行病學(xué)規(guī)律、為該病的綜合防控提供了基礎(chǔ)數(shù)據(jù)及理論依據(jù)