實驗紅鯽C1HD系SSRs與SNPs標(biāo)記的研究.pdf

1、目的：采用微衛(wèi)星DNA(SSRs)和單核苷酸多態(tài)性(SNPs)標(biāo)記研究實驗紅鯽C1HD系。
　　方法：1. SSRs標(biāo)記研究方面，隨機(jī)抽取鯉魚的6對微衛(wèi)星引物，PCR擴(kuò)增8尾實驗紅鯽C1HD系和8尾普通紅鯽基因組DNA，PCR產(chǎn)物電泳分析后，篩選出實驗紅鯽C1HD系微衛(wèi)星DNA標(biāo)記。2. SNPs標(biāo)記研究方面，參照斑馬魚的SNPs基因庫，針對已建立的每個SNP位點設(shè)計兩對引物，采用單管雙向等位基因?qū)Ｒ恍詳U(kuò)增(SB-ASA)法[1]

2、PCR擴(kuò)增12尾實驗紅鯽C1HD系和12尾普通紅鯽基因組DNA，PCR產(chǎn)物經(jīng)電泳分析后測序驗證確定樣品SNPs基因型，同時對數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計分析，篩選出實驗紅鯽C1HD系單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記。
　　結(jié)果：1. SSRs標(biāo)記研究方面，隨機(jī)抽取鯉魚的6對微衛(wèi)星引物，采用引物PCR擴(kuò)增8尾實驗紅鯽C1HD系和8尾普通紅鯽基因組DNA，PCR產(chǎn)物電泳結(jié)果顯示：引物MFW14、MFW24和MFW25在紅鯽兩個樣品均擴(kuò)增出一個等位基因；引物MFW1

3、和MFW5在紅鯽兩個樣品共擴(kuò)增出多個等位基因，紅鯽C1HD系、普通紅鯽分別為7個、9個等位基因。引物MFW15的擴(kuò)增產(chǎn)物，只在普通紅鯽樣品出現(xiàn)長度約為180bp的等位基因，實驗紅鯽C1HD系樣品未出現(xiàn)該等位基因。2. SNPs標(biāo)記研究方面，斑馬魚SNPs基因庫中的12個候選基因篩選24個SNPs位點，采用SB-ASA法對樣品基因組DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增，擴(kuò)增產(chǎn)物電泳成像后分析顯示：其中斑馬魚的zK261O7基因zSNP30124211(A

4、/G型)、zC227H20基因zSNP24678043(T/A型)和zC39F23基因zSNP26474328(C/G型)三個位點能夠?qū)t鯽進(jìn)行基因分型：三個位點擴(kuò)增出對應(yīng)長度為432bp、482bp、365bp的片段，對應(yīng)不同的特征性長度為普通紅鯽153bp(代表基因型A)與實驗紅鯽C1HD系314bp(代表基因型G)、普通紅鯽228bp(代表基因型T)與實驗紅鯽C1HD系289bp(代表基因型A)、普通紅鯽254bp(代表基因型C)

5、與實驗紅鯽C1HD系141bp(代表基因型G)的片斷，對應(yīng)不同的長度片斷能夠區(qū)別普通紅鯽和實驗紅鯽C1HD系。基因分型結(jié)果與測序結(jié)果完全一致。數(shù)據(jù)分析顯示在紅鯽24個SNPs位點共獲得并清晰的DNA譜帶并測定序列10933bp，共發(fā)現(xiàn)92個SNPs和70個單倍型；實驗紅鯽C1HD系和普通紅鯽分別發(fā)現(xiàn)有32個和60個SNPs，SNPs頻率θ值分別是0.47、1.02SNPs/kb，π值分別是0.31×10-3、1.27×10-3，SNPs

6、分布不均，存在SNPs富集和SNPs貧乏；使用同一性卡方檢驗紅鯽樣品的等位基因頻率，92個SNPs有65個SNPs的等位基因頻率在實驗紅鯽C1HD系和普通紅鯽間有顯著性差異，其中斑馬魚的zSNP30124211(A/G型)、zSNP24678043(T/A型)和zSNP26474328(C/G型)三個SNPs位點可作為紅鯽C1HD系SNPs標(biāo)記；在實驗紅鯽C1HD系和普通紅鯽中分別有38和47種單倍型，共同有15種單倍型。實驗紅鯽C1H

7、D系單倍型基因多樣性均值(0.14)小于普通紅鯽基因多樣性均值(0.234)，不同基因位點的單倍型分化(Gst)在0～1，不同基因位點的基因分化(Gst)既有相同又有不同。
　　結(jié)論：1. SSRs標(biāo)記研究方面：引物MFW15的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物中，只在普通紅鯽樣品出現(xiàn)長度約為180bp的特異性DNA片斷，可作為區(qū)分實驗紅鯽C1HD系與普通紅鯽的SSRs標(biāo)記。2. SNPs標(biāo)記研究方面：(1)zSNP30124211(A/G型)、zS