水稻生物信息平臺構(gòu)建.pdf

1、水稻是人類主要的糧食作物，并且是禾本科基因組研究的模式植物。亞洲栽培稻分為秈稻和粳稻兩個(gè)亞種，他們之間的差異比較顯著。粳稻日本晴的精細(xì)基因組測序早在2004年由IRGSP完成，但是一直沒有比較好的秈稻基因組。目前研究者對秈稻進(jìn)行研究時(shí)，大多都是使用粳稻的基因組，但秈稻和粳稻之間的差異較多，大大增加了研究的難度。
　　秈稻的兩個(gè)常見品種珍汕97和明恢63的雜交能產(chǎn)生一個(gè)被廣泛種植的雜交品種汕優(yōu)63。為了提供一份精確的及時(shí)的秈稻基因組

2、注釋，2013年華中農(nóng)業(yè)大學(xué)對這兩個(gè)品種的基因組進(jìn)行了測序、組裝和注釋。注釋內(nèi)容包括基因注釋、重復(fù)序列注釋、非編碼RNA注釋和SNP注釋等。本課題以這些數(shù)據(jù)為基礎(chǔ)，構(gòu)建了水稻生物信息平臺(RIGW)。
　　該網(wǎng)站以系統(tǒng)的圖形化方式展現(xiàn)了水稻的基因組序列等相關(guān)信息，除了基本的基因顯示、基因組瀏覽等功能外，該平臺還加入了一些比較實(shí)用的工具，如GBrowse、BLAST、CRISPR和富集分析等，極大地豐富了該信息平臺的功能。RIGW作