H3N2和H1N1亞型豬流感病毒的遺傳進(jìn)化分析.pdf

1、豬流感(Swine influenza,SI),是由甲型豬流感病毒(Swine influenza virus,SIV)引發(fā)的一種急性接觸傳染性呼吸道疾病,臨床表現(xiàn)為突發(fā)咳嗽、呼吸困難、發(fā)熱、不同年齡、品種和性別的豬均能感染,是當(dāng)今規(guī)模化豬場普遍存在且難以根治的群發(fā)性疾病。2012年8月份至2014年3月份,實(shí)驗(yàn)室通過對收集至全區(qū)各地的豬流感(Swine influenza,SI)的疑似樣品進(jìn)行陽性鑒定,應(yīng)用雞胚接種和細(xì)胞培養(yǎng)的方法分離

2、出5株SIV,本研究主要通過對這分離得到的5株豬流感病毒分別進(jìn)行8個片段的全基因擴(kuò)增后進(jìn)行NCBI-BLAST比對,結(jié)果顯示5株分離株分別為2株H3N2亞型和3株 H1N1亞型的SIV。這5株分離株分別命名為A/swine/Guangxi/NN01/2013(H3N2)(簡稱 NN01株)、A/swine/Guangxi/JG04/2013(H3N2)(簡稱JG04株)、A/Guangxi/DX24/2
　　013/DX24/20

3、13(H1N1)(簡稱DX24株),A/swine/Guangxi/DX31/2013(H1N1)(簡稱DX31株)以及A/swine/Guangxi/BB2/2013(H1N1)(簡稱BB2株)。
　　根據(jù)構(gòu)建基因遺傳進(jìn)化樹以及核苷酸同源性的分析結(jié)果顯示,NN01株的HA基因位于人源 H3N2季節(jié)性流感分支,同源性為87.3％-98.7%,與A/swine/Guangxi/NS2783/2010(H3N2)株相近,且其與 JG0

4、4株的同源性為99.0%;NA基因也位于人源H3N2季節(jié)性流感分支,同源性為90.4%-98.3%,與A/swine/Hong Kong/2503/2011(H3N2)株關(guān)系較近,且其與JG04株的同源性為98.7%;其內(nèi)部基因PB2、PB1、PA、NP、M和NS皆位于pdm/09亞群上,各基因與 pdm/09亞群間的同源性在95.2%-99.6%之間,JG04株的HA基因位于人源H3N2季節(jié)性流感分支,同源性為87.3%-98.8%,

5、;NA基因也位于人源 H3N2季節(jié)性流感分支,同源性為90.2%-98.0%,內(nèi)部基因PB2、PB1、PA、NP和M皆位于pdm/09亞群上,各基因與pdm/09亞群間的同源性在96.1%-99.1%之間,NS基因則位于古典豬流感譜系,同源性在90.9%-95.0%之間;DX24與DX31毒株8個基因皆位于pdm/09亞群,各基因與 pdm/09亞群間的同源性在95.5%-99.2%之間,與芬蘭地區(qū)2012-2013年間的pdm/09毒

6、株關(guān)系最為密切;BB2株8個基因皆位于歐洲類禽H1N1SIV譜系,同源在87.1%-99.7%之間,各基因均與江蘇地區(qū)的歐洲類禽H1N1SIV關(guān)系最為密切。
　　可知,NN01株和JG04株都具有類似于北美三源重配 SIV的TRIG(Triple reassortant internal gene,TRIG)盒的特點(diǎn),NN01株為外部基因(HA和NA)來源于人源季節(jié)性流感,內(nèi)部基因(PB2、PB1、PA、NP、M和NS)來源于pd

7、m/09毒株的三源重配H3N2亞型SIV;JG04株為外部基因(HA和NA)來源于人源季節(jié)性流感,內(nèi)部基因中的PB2、PB1、PA、NP、M來源于 pdm/09毒株以及 NS基因來源于古典豬流感病毒的三源重配H3N2亞型SIV;DX24和DX31毒株全基因8個均來自人源pdm/09毒株;BB2是全基因8個片斷均來源于歐洲類禽豬流感毒株的H1N1亞型SIV。
　　對5株SIV分離株各基因氨基酸序列關(guān)鍵位點(diǎn)進(jìn)行分析后發(fā)現(xiàn),5株毒株的P

8、B2氨基酸序列的宿主相關(guān)保守位點(diǎn)中,第627aa均為E(Glu),說明這5株P(guān)B2基因均來源于禽,且JG04株其PB2基因?yàn)門588I,這一突變與增強(qiáng)毒力有關(guān);另外,5株分離株皆含有截?cái)嗟腜B1-F2蛋白,其具體作用仍未清楚。5株病毒株其 HA蛋白受體結(jié)合位點(diǎn)均發(fā)生了 E190D和G225E/D(以H3為標(biāo)準(zhǔn))的變異,表明都可以與SAα-2,6-Gal受體結(jié)合,其在HA裂解位點(diǎn)上都只存在1個R殘基,屬于低致病性毒株的HA氨基酸特征;結(jié)合