家蠶EST分析系統(tǒng)的構建及初步分析.pdf

1、以公共數(shù)據(jù)庫為基礎，建立了以核酸為主的家蠶專門化分子生物學數(shù)據(jù)庫。在建立數(shù)據(jù)庫的基礎上，初步實現(xiàn)了數(shù)據(jù)庫應用，包括核酸電子自動延伸系統(tǒng)、基于Web的本地化BLAST同源序列檢索程序以及結(jié)構預測等。它將為建立家蠶的生物信息學研究平臺打下基礎。本研究的主要內(nèi)容及結(jié)果如下：　　1.建立了專門化的家蠶分子生物學數(shù)據(jù)庫。序列數(shù)據(jù)庫中以EST數(shù)據(jù)庫和HTGS數(shù)據(jù)庫為主。其中，家蠶的EST數(shù)據(jù)庫中的記錄量超過了12萬?！　?.建立了核酸序列電子自

2、動延伸系統(tǒng)。對于家蠶cDNA序列可以進行有效、迅速的延伸。對于給定的258-wd-041103(re)(比s270少A)_001_802R_2004-09-17-Y和S238F-1yl-040819(以上均為實驗室編制序號)兩條驗證序列，該系統(tǒng)都進行了有效的延伸。　　3.建立了基于Web的本地化BLAST同源比對程序。檢索方式、參數(shù)選擇、結(jié)果格式均與NCBI類似，便于進行交流?！　?.建立了以人為主的參照數(shù)據(jù)庫。人基因注釋數(shù)據(jù)庫和蛋