CpG島甲基化表型結(jié)直腸癌新標(biāo)記物及臨床病理特征研究.pdf

1、目的:CpG島甲基化表型(OMP)是一種特殊的結(jié)直腸癌亞型，其特征在于基因啟動(dòng)子中的CpG島大量甲基化，導(dǎo)致一些腫瘤抑制基因或腫瘤相關(guān)的基因失活。CIMP被發(fā)現(xiàn)與多種不同的臨床和分子特征有關(guān)，比如對(duì)5-FU和西妥昔單敏感性低，患者預(yù)后更差等。然而，迄今CIMP結(jié)直腸癌的臨床和分子特征之間仍然存在爭(zhēng)議。造成這種爭(zhēng)議的原因包括:研究人群的種族差異、病例對(duì)照選擇標(biāo)準(zhǔn)，用于定義CIMP甲基化表型的基因marker不同，和DNA甲基化檢測(cè)的方法不

2、同。尋找新的CIMP marker和更為靈敏的檢測(cè)方法是研究和評(píng)估CIMP腫瘤的主要挑戰(zhàn)。本研究選擇了5個(gè)新的基因SHISA3，STC2，TMEM200B，CTSL1和LRIF1，從散發(fā)性結(jié)直腸癌中篩選和鑒定CpG島甲基化表型。
　　方法:我們前期利用MBP沉淀測(cè)序的方法，比較了3對(duì)普通結(jié)直腸癌和正常對(duì)照，3對(duì)CIMP（利用經(jīng)典的CIMP marker）的DNA甲基化譜，最終選擇了5個(gè)僅在CIMP腫瘤中甲基化的基因作為標(biāo)記分子，S

3、HISA3，STC2，TMEM200B，CTSL1 LRIF1。分別收集216對(duì)結(jié)直腸癌和正常對(duì)照組織，抽提DNA后進(jìn)行重亞硫酸鹽處理，分別檢測(cè)新的5對(duì)分子marker SHISA3，STC2，TMEM200B，CTSL1 LRIF1和經(jīng)典的分子marker CACNA1G，IGF2，NEUROG1，RUNX3，SOCS1的甲基化情況。為了更準(zhǔn)確地量化甲基化，我們使用數(shù)字PCR(ddPCR)新技術(shù)來(lái)檢測(cè)甲基化情況。
　　結(jié)果:在我

4、們分析的216個(gè)腫瘤，我們選擇新的基因SHISA3，STC2，TMEM200B，CTSL1 LRIF1敏感性，特異性，PPV和NPV分別是80％，95.3％，85.7％和93.2％，比之前驗(yàn)證5個(gè)經(jīng)典的基因CACNA1G，IGF2，NEUROG1，RUNX3，SOCS1有更高的敏感性和特異性;CIMP腫瘤中BRAF突變更為常見(jiàn)，但K-RAS突變低于非CIMP腫瘤。CIMP生存率顯著低于非CIMP腫瘤。
　　結(jié)論:新CIMP基因組合