金屬離子對HIV-1整合酶與DNA-抑制劑相互作用的影響.pdf

1、本文以HIV-1整合酶為研究對象，用同源模建、分子對接方法和分子動力學(MD)模擬方法研究其與DNA可能的結(jié)合位點、結(jié)合模式以及其與已知抑制劑的結(jié)合模式、結(jié)合強度，為尋找具有更好活性的抗HIV藥物提供幫助。 本文主要包括以下工作：用分子模擬方法研究HIV-1整合酶與病毒DNA的相互作用；用分子對接方法研究HIV-1整合酶與硫氮硫扎平類抑制劑的相互作用。HIV-1整合酶是HIV-1病毒復制過程中不可缺少的一種酶，它負責將病毒DNA

2、整合到宿主DNA上。對于其整合過程在生物化學和生物物理學機理方面仍有很多未知之處。X-ray和NMR實驗已經(jīng)給出了HIV-1整合酶(IN)三個結(jié)構(gòu)域的結(jié)構(gòu)，但目前，完整結(jié)構(gòu)的HIV-1整合酶與DNA的復合物還沒有解析出來。因此，從原子水平上研究整合酶四聚體與病毒DNA相互作用位點的結(jié)構(gòu)信息，并對整合酶四聚體-DNA復合物結(jié)合模式進行合理的預測，對于理解整合酶的催化機理，進而進行基于結(jié)構(gòu)的整合酶抑制劑設計具有重要的意義。用分子模擬方法研究