結(jié)核分枝桿菌中小RNA的生物信息學(xué)預(yù)測.pdf

1、結(jié)核病嚴(yán)重威脅著人類的生命與健康。根據(jù)世界衛(wèi)生組織的統(tǒng)計，2008年全球估計有130萬人死于結(jié)核病，新增結(jié)核病患者940萬人，結(jié)核病疫情嚴(yán)重。在上個世紀(jì)60到70年代結(jié)核病曾經(jīng)一度被有效控制。但是隨著多重耐藥菌株和廣泛耐藥菌株的出現(xiàn)，結(jié)核病在全球范圍內(nèi)卷土重來，嚴(yán)重威脅人類的健康，新藥的研發(fā)與問世迫在眉睫。因此，發(fā)現(xiàn)新的抗結(jié)核病藥物靶標(biāo)，為新型抗結(jié)核病藥物的研發(fā)提供指導(dǎo)，成為治療結(jié)核病研究中的首要任務(wù)。
　　 Small RNA

2、(sRNA)是的細菌中的調(diào)節(jié)因子，其重要的調(diào)節(jié)功能在近十年被逐漸報道。它們由基因組編碼，但是絕大多數(shù)不編碼蛋白產(chǎn)物。通過與mRNA分子互補配對作用或者影響蛋白分子的活性，sRNA在細胞對環(huán)境脅迫的應(yīng)答過程中發(fā)揮作用。sRNA受到全局調(diào)節(jié)子的調(diào)控，參與許多重要的細菌生理途徑，也是許多通路中的重要節(jié)點，因而sRNA成為揭示這些通路全貌的新的研究切入點。
　　 目前對分枝桿菌中的sRNA的研究剛剛起步。本文通過生物信息學(xué)的方法對結(jié)核分

3、枝桿菌中的sRNA進行預(yù)測，希望能夠發(fā)現(xiàn)新的sRNA分子，為揭示結(jié)核分枝桿菌復(fù)雜的胞內(nèi)生存機制與持留性感染相關(guān)的重要生理途徑提供新的研究的切入點，為新藥靶點的開發(fā)提供幫助。
　　 本文嘗試了兩種方法來對結(jié)核分枝桿菌H37Rv菌株中的sRNA進行預(yù)測。這兩種方法分別是通過尋找在近緣菌種間保守的基因間序列進行預(yù)測和通過尋找基因組中可能的轉(zhuǎn)錄信號進行預(yù)測。然后對預(yù)測結(jié)果進行BLAST分析，評價其可信度并篩選掉部分可能的蛋白編碼序列。通