水稻PPI網(wǎng)絡(luò)中逆境響應(yīng)miRNA所靶向的基因拓?fù)涮卣鞣治?pdf

1、在植物基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中，大量的小分子miRNA基因已經(jīng)被證實(shí)能夠響應(yīng)和調(diào)控非生物逆境條件，如：干旱、高鹽和高溫等等。在蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)中，對(duì)非生物逆境響應(yīng) miRNA（ASRmiRs）靶基因的拓?fù)鋵傩蕴剿鳎軌蛴行У匕l(fā)掘植物非生物逆境響應(yīng)的分子調(diào)控機(jī)制。
　　在本課題的研究過(guò)程中，選取了同時(shí)具有經(jīng)濟(jì)價(jià)值與食用價(jià)值的水稻（Oryza sativa）作為研究對(duì)象。首先，使用interolog原理構(gòu)建出水稻蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)，然后用復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)理論

2、去分析逆境響應(yīng)miRNA靶基因（stress-miR-targets）的特有拓?fù)鋵傩浴?br>　　論文的主要研究?jī)?nèi)容及研究成果：
　　(1)高質(zhì)量的水稻蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建。先使用同源映射原理來(lái)預(yù)測(cè)水稻蛋白質(zhì)相互作用組，然后用共表達(dá)與共定位進(jìn)行質(zhì)量控制，最終獲得2975個(gè)水稻蛋白質(zhì)的22933項(xiàng)非冗余的蛋白質(zhì)相互作用組。對(duì)ASRmiRs的靶基因進(jìn)行預(yù)測(cè)，將網(wǎng)絡(luò)中節(jié)點(diǎn)分成兩大類(lèi)：逆境響應(yīng)miRNA靶基因（stress-miR-tar

3、gets）與非逆境響應(yīng)miRNA靶基因（non-stress-miR-targets）。
　　(2)提出了基于復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)理論的網(wǎng)絡(luò)拓?fù)涮卣髦捣治龇椒?。在水稻蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)中，分別計(jì)算兩種類(lèi)型基因的度、聚類(lèi)系數(shù)、介數(shù)、拓?fù)湎禂?shù)、1N index、SDT和 ADT的平均值，比較逆境響應(yīng)miRNA靶基因（stress-miR-targets）與非逆境響應(yīng)miRNA靶基因（non-stress-miR-targets）的拓?fù)鋵傩?。結(jié)果發(fā)現(xiàn)逆

4、境響應(yīng)miRNA靶基因（stress-miR-targets）表現(xiàn)出特有的拓?fù)鋵傩?，并且具有明顯的差異性。
　　(3)提出了基于復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)理論的k-core分解算法與蛋白質(zhì)相互作用概率分析方法。對(duì)兩種類(lèi)型基因之間的相互作用概率進(jìn)行計(jì)算，同時(shí)對(duì)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行 k-core分解，提取核心節(jié)點(diǎn)信息。結(jié)果表明逆境響應(yīng)miRNA靶基因（stress-miR-targets）更加傾向與非逆境響應(yīng)miRNA靶基因（non-stress-miR-targ