雞卵巢發(fā)育相關(guān)miRNA與基因的鑒定及特征分析.pdf

1、為探究雞的卵巢發(fā)育調(diào)控機(jī)制，本試驗以濟(jì)寧百日雞不同發(fā)育階段的卵巢組織為材料，通過小RNA高通量測序和轉(zhuǎn)錄組高通量測序，找出不同發(fā)育階段之間的差異表達(dá)miRNA和差異表達(dá)基因，構(gòu)建基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，并對差異表達(dá)的miRNA和mRNA進(jìn)行定量驗證。主要結(jié)果如下:
　　(1)小RNA測序分析
　　構(gòu)建了60日齡(S_A)、100日齡(S_B)、140日齡未開產(chǎn)(S_C)、140日齡已開產(chǎn)(S_D)四個發(fā)育階段的小RNA文庫，通過His

2、eq高通量測序分別獲得8156581、6926412、8906171、10510049高質(zhì)量讀數(shù)，各占其原始讀數(shù)的98.56％、97.67％、98.72％、98.00％。比對上已知miRNA前體的sRNA的個數(shù)分別為3181902、2751006、3107415、1459649，分別占所有比對上的sRNA的73.74％、72.56％、67.38％、30.12％。另外預(yù)測到新miRNA35個。差異表達(dá)miRNA分析發(fā)現(xiàn):SA與SB兩個文庫

3、中有14個miRNA的表達(dá)量存在顯著差異(qvalue＜0.01，且|log2(foldchange)|＞1);S_A和S_C兩個文庫相比，有22個miRNA的表達(dá)量存在顯著差異;在S_B和S_C兩個文庫相比，有8個miRNA的表達(dá)量存在顯著差異;SA和SD兩個文庫顯著差異表達(dá)的miRNA共74個;S_B與S_D兩個文庫相比，顯著差異表達(dá)的miRNA共78個;140日齡開產(chǎn)前后顯著差異表達(dá)的miRNA共51個。差異表達(dá)miRNA的qRT

4、-PCR驗證情況:在選取的9個miRNA中，有7個miRNA同高通量測序得到的表達(dá)量變化趨勢基本吻合，線性擬合的相關(guān)系數(shù)為0.8878。對差異表達(dá)miRNA的靶基因進(jìn)行功能富集分析，靶基因主要富集到生物過程和細(xì)胞組分這兩類GOterm上;并且只在囊泡運輸中SNARE的相互作用（SNARE interactions in vesicular transpor）KEGG通路上顯著富集。
　　(2)轉(zhuǎn)錄組測序分析
　　構(gòu)建了60日

5、齡(T_A)、100日齡(T_B)、140日齡未開產(chǎn)(T_C)、140日齡已開產(chǎn)(T_D)四個發(fā)育階段的轉(zhuǎn)錄組文庫，通過Hiseq高通量測序分別獲得62285300、75609458、87655702、83921800個高質(zhì)量讀數(shù)，分別占原始讀數(shù)的96.20％、95.96％、95.73％、95.80％。與參考基因組比對上的序列讀數(shù)分別為53248104、64794485、74926383、70651433，分別占高質(zhì)量讀數(shù)的85.49％

6、、85.7％、85.48％、84.19％。差異基因分析發(fā)現(xiàn):T_A與T_B兩個文庫比較，有51個基因的表達(dá)量存在顯著差異(qvalue＜0.005，且|log2(FoldChange)|＞1);T_A與T_C兩個文庫比較，有118個基因的表達(dá)量存在顯著差異;TB與TC兩個文庫比較，有20個基因的表達(dá)量存在顯著差異;TA與TD兩個文庫比較，顯著差異表達(dá)的基因共2284個;T_B與T_D兩個文庫比較，顯著差異表達(dá)的基因共2882個;T_C與

7、T_D兩個文庫比較，顯著差異表達(dá)的基因共2579個。差異表達(dá)基因進(jìn)行qRT-PCR驗證:在選取的9個差異基因中，有7個基因與高通量測序得到的表達(dá)量變化趨勢基本一致，線性擬合的相關(guān)系數(shù)為0.8662。對所有差異表達(dá)基因并集進(jìn)行功能富集分析，差異基因顯著富集到567個GOterm上;顯著富集的KEGG通路共7個。
　　(3)差異miRNA與差異基因整合分析
　　為進(jìn)一步探究差異表達(dá)miRNA與差異表達(dá)基因的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，對相同比較組