山羊的多個(gè)候選基因的關(guān)聯(lián)分析、正向選擇以及轉(zhuǎn)錄組研究.pdf

1、捻轉(zhuǎn)血矛線蟲是一種存在于小型反芻動(dòng)物胃腸道內(nèi)的吸血性寄生蟲，該寄生蟲能降低反芻動(dòng)物的免疫應(yīng)答和對寄生蟲的抵抗力，影響生長，從而對生產(chǎn)造成嚴(yán)重影響。鑒定宿主對捻轉(zhuǎn)血矛線蟲免疫應(yīng)答的關(guān)鍵基因和相關(guān)分子標(biāo)記在山羊抗寄生蟲病育種中具有重要意義。本研究采集了宜昌白山羊、南江黃羊、恩施黑山羊及黃白雜交羊4個(gè)群體的DNA樣品，對每只羊采集糞便進(jìn)行了寄生蟲糞球計(jì)數(shù)，研究了25個(gè)候選個(gè)基因在山羊群體中的多態(tài)性，并進(jìn)行了基因型和表型的關(guān)聯(lián)分析。本研究還對I

2、L-32和DRB-1基因在群體中的選擇進(jìn)化進(jìn)行了研究，取得的主要結(jié)果如下：
　　1.在4個(gè)基因中總共鑒定了25個(gè)候選SNP位點(diǎn)，其中，7個(gè)SNP位點(diǎn)為顯著位點(diǎn)，5個(gè)是錯(cuò)義突變，1個(gè)位于IGF-1，3個(gè)位于白介素32（IL32）基因中，1個(gè)位于白介素33（IL33）基因中，2個(gè)位于DRB-1基因中。
　　2.發(fā)現(xiàn)IGF-1、IL33、IL-32和DRB-1這四個(gè)基因的SNP與糞球計(jì)數(shù)中捻轉(zhuǎn)血矛線蟲卵數(shù)（FEC）顯著相關(guān)（P<0

3、.02）。其中錯(cuò)義突變導(dǎo)致的氨基酸改變可能最終影響了相關(guān)基因的功能，因此，結(jié)果可為抗捻轉(zhuǎn)血矛線蟲關(guān)鍵免疫基因功能研究和遺傳標(biāo)記開發(fā)提供了一定基礎(chǔ)。
　　3.序列比對分析表明山羊的IL-32和DRB-1與綿羊的IL-32和DRB-1極為相似。通過對基因編碼區(qū)的物種間比較，可知山羊的IL-32與其他物種的相似度分別為，綿羊（96％），北美野牛（91%），駱駝（58%），人、貓和水牛（56%）；而山羊的DRB-1與綿羊的相似度為98%，

4、與大鼠和小鼠的相似度為41%，與馬的相似度為46%，與駱駝和人的相似度為44%，與狗的相似度為41%。
　　4.研究了SNP導(dǎo)致的IL-32和DRB-1基因的進(jìn)化和選擇。通過使用FST方法，發(fā)現(xiàn)IL-32和DRB-1基因具有選擇位點(diǎn)IL-32(9375)；利用NCBI數(shù)據(jù)庫的11個(gè)IL-32和8個(gè)DRB-1哺乳動(dòng)物物種的核苷酸序列，在PAML程序中通過最大似然法的四種模式（M1A，M2a，M7和M8）揭示該這兩個(gè)基因受到了凈化選擇