許氏平鲉(Sebastes schlegelii)EST-SSR標(biāo)記開發(fā)及快速生長選育系遺傳結(jié)構(gòu)分析.pdf

1、許氏平鲉（Sebastes schlegelii）是我國北方近海重要的巖礁性魚類，由于具有廣溫廣鹽習(xí)性，可以自然越冬，也是我國北方沿海深水網(wǎng)箱養(yǎng)殖和增殖放流的適宜經(jīng)濟(jì)魚種，但近年來其漁業(yè)資源減少嚴(yán)重，因此進(jìn)行許氏平鲉人工繁育及良種選育具有重要的經(jīng)濟(jì)效益和社會(huì)效益。微衛(wèi)星標(biāo)記技術(shù)能夠?yàn)樵S氏平鲉良種選育提供一定的技術(shù)支持，尤其是在分子標(biāo)記輔助育種等方面。EST-SSR開發(fā)成本低，且在不同物種間具有一定的通用性，已經(jīng)成為新型高效的開發(fā)微衛(wèi)星標(biāo)

2、記的途徑。許氏平鲉是卵胎生魚類，具有一雌多雄的交配模式，對(duì)其選育系的遺傳結(jié)構(gòu)進(jìn)行監(jiān)測(cè)、分析其遺傳多樣性以及遺傳分化情況具有十分重要的實(shí)踐意義。本研究首次利用已發(fā)表的許氏平鲉EST序列進(jìn)行EST-SSR標(biāo)記開發(fā)，以期為許氏平鲉良種選育提供更多標(biāo)記選擇，同時(shí)選用8對(duì)擴(kuò)增效果好、多態(tài)性豐富的微衛(wèi)星引物對(duì)17個(gè)許氏平鲉快速生長選育系的遺傳結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析，以期為許氏平鲉種質(zhì)資源保護(hù)、良種選育等工作提供支持。
　　1、許氏平鲉EST-SSR標(biāo)記

3、的開發(fā)及通用性檢測(cè)
　　從NCBI公共數(shù)據(jù)庫下載的1980條EST序列經(jīng)拼接、SSR位點(diǎn)查找后，發(fā)現(xiàn)EST-SSR位點(diǎn)的發(fā)現(xiàn)率為9.14％，所有EST-SSR位點(diǎn)中完美型比例占到91.52%，其中，二堿基重復(fù)出現(xiàn)頻率最高，以TG/CA基序最多，三堿基重復(fù)類型最多，四到六堿基所有重復(fù)類型皆出現(xiàn)一次。
　　從中挑選、設(shè)計(jì)引物56對(duì)，46對(duì)引物能夠有效擴(kuò)增，18個(gè)位點(diǎn)具有多態(tài)性。18個(gè)多態(tài)位點(diǎn)共檢測(cè)出70個(gè)等位基因，每個(gè)位點(diǎn)觀測(cè)等

4、位基因數(shù)（Na）為2～9，平均觀測(cè)等位基因數(shù)為3.89；平均觀測(cè)雜合度（Ho）和平均期望雜合度（He）分別達(dá)到0.3037和0.3757；每個(gè)位點(diǎn)的平均多態(tài)信息含量（PIC）為0.3419，中高度多態(tài)位點(diǎn)比例達(dá)到50.00%；經(jīng)Bonferroni校正后，仍有3個(gè)位點(diǎn)顯著偏離Hardy-Weinberg平衡（P<0.0028），但兩兩位點(diǎn)間不存在連鎖不平衡現(xiàn)象。
　　位點(diǎn)通用性檢測(cè)結(jié)果顯示，在朝鮮平鲉中除位點(diǎn)HJ606和HJ418

5、3其余位點(diǎn)均能有效擴(kuò)增，其中6個(gè)位點(diǎn)多態(tài)；在褐菖鲉中所有位點(diǎn)均能有效擴(kuò)增，除位點(diǎn)HJ4215和HJ4286單態(tài)外其余位點(diǎn)均為多態(tài)；18個(gè)位點(diǎn)在朝鮮平鲉和褐菖鲉中的通用率分別是88.89%和100%，多態(tài)率為33.33%和88.89%。
　　本研究開發(fā)的許氏平鲉EST-SSR標(biāo)記多態(tài)性較高，在近緣物種中具有很高的通用性，可用于許氏平鲉系統(tǒng)進(jìn)化分析、近緣種通用性檢測(cè)以及分子標(biāo)記育種等工作，并且為許氏平鲉良種選育以及構(gòu)建更高密度遺傳連鎖

6、圖譜提供了更多的標(biāo)記選擇。
　　2、17個(gè)許氏平鲉快速生長選育系的遺傳結(jié)構(gòu)分析
　　本研究采用高分辨率的毛細(xì)管電泳進(jìn)行SSR分型檢測(cè)，8個(gè)標(biāo)記在17個(gè)選育系中共檢測(cè)到181個(gè)等位基因。選育系遺傳多樣性分析結(jié)果顯示，17個(gè)選育系的平均觀測(cè)等位基因數(shù)（Na）為6.0318，觀測(cè)雜合度（Ho）和期望雜合度（He）均值分別達(dá)到了0.8417和0.7201，表明17個(gè)快速生長選育系的遺傳多樣性較高，仍具有很大的選育潛力。
　　選

7、育系遺傳結(jié)構(gòu)分析結(jié)果顯示，遺傳分化指數(shù)（Fst）在0.0750～0.3301之間，最小值存在于選育系 FH（日照）和FB（青島）之間，而最大值存在于SH（長島子一代）和SE（榮成♀×青島♂）之間，選育系間平均遺傳分化指數(shù)達(dá)到0.2017，即20.17%的遺傳變異來自于選育系間，而79.83%的遺傳變異來自選育系內(nèi)個(gè)體間差異，多重比較結(jié)果顯示17個(gè)選育系間遺傳分化均達(dá)到極顯著水平。表明：本結(jié)果可為許氏平鲉下一步良種選育中的親魚配對(duì)策略提供