面向DNA-RNA化學修飾的結構生物信息學研究.pdf

1、DNA和RNA是生物體內重要的大分子。DNA是生命體遺傳信息的主要載體;RNA經(jīng)由DNA轉錄產(chǎn)生,行使多種生物學功能。天然的DNA/RNA會發(fā)生化學修飾來調控其功能,這些調控機理的闡明將有助于研發(fā)新的實驗技術和治療手段。本文分別通過結構生物信息學方法研究硫修飾對DNA螺旋穩(wěn)定性的影響以及異核苷修飾對RNA干擾結構和功能的影響。
　　DNA骨架硫修飾是近年來發(fā)現(xiàn)的一種新的內源化學修飾,但其結構和功能并不清楚。本課題首先以分子力學方法

2、對手性硫修飾二核苷及未修飾二核苷做構象搜索,并進一步用量化方法優(yōu)化;然后測量每個局部最優(yōu)結構的骨架結構,構建基于骨架結構的能量打分函數(shù);最后收集NDB數(shù)據(jù)庫中DNA的骨架結構數(shù)據(jù),利用能量打分函數(shù)評估手性硫修飾對DNA螺旋性的影響。結果表明,自然存在的R構型硫修飾會導致B構型DNA螺旋不穩(wěn)定。
　　RNA干擾技術中常用各種化學修飾方法提高雙鏈siRNA在體內的穩(wěn)定性和藥物傳遞效率。本課題通過分子模擬的方法考察異核苷修飾對Ago蛋白