基于外顯子測序技術(shù)對乳腺癌轉(zhuǎn)移與雜合性缺失相關(guān)關(guān)系的初步研究.pdf

1、目的：在女性惡性腫瘤死因中,乳腺癌的死因已上升至第一位,而乳腺癌轉(zhuǎn)移是導(dǎo)致乳腺癌患者死亡的最主要原因。目前認(rèn)為外顯子測序技術(shù)是一種快捷、經(jīng)濟、高效的尋找疾病致病病因及相關(guān)易感基因的研究方法,本實驗通過外顯子測序技術(shù)對乳腺癌轉(zhuǎn)移與基因雜合性缺失相關(guān)關(guān)系進行初步研究。
　　方法和結(jié)果：通過外顯子測序技術(shù)對同一個乳腺癌患者的原發(fā)腫瘤、轉(zhuǎn)移瘤及血液標(biāo)本進行外顯子組分析,每個樣本各獲得約2.8Gbp原始數(shù)據(jù),不同樣本目標(biāo)區(qū)域測序深度在56-

2、62×,平均測序深度為60×,目標(biāo)區(qū)域覆蓋率達87％以上,均達到測序的要求。將原始數(shù)據(jù)通過hg19、NCBIbuild37進行比對,剔除已知的突變,得到新的數(shù)據(jù)庫,我們發(fā)現(xiàn)原發(fā)腫瘤共有41個基因出現(xiàn)雜合性缺失,而轉(zhuǎn)移瘤共有551個基因出現(xiàn)雜合性缺失。通過PUBMED等數(shù)據(jù)庫查詢這些基因的功能,其中在轉(zhuǎn)移灶中發(fā)現(xiàn)5個基因與細(xì)胞分化增殖有關(guān),8個基因與細(xì)胞粘附、運動有關(guān),5個基因與細(xì)胞凋亡有關(guān),10個基因與腫瘤形成有關(guān),12個基因與腫瘤轉(zhuǎn)移

3、有關(guān),10個基因是文獻報道的候選抑癌基因。同時,實驗還發(fā)現(xiàn)了文獻報道的轉(zhuǎn)移相關(guān)區(qū)域3p21.3、13q12–13、16q22-23,并對實驗中這三個區(qū)域的出現(xiàn)雜合性缺失的基因進行討論,發(fā)現(xiàn)這些基因的雜合性缺失與乳腺癌的轉(zhuǎn)移可能有關(guān),實驗中還發(fā)現(xiàn)鋅指基因家族和MMPs家族的雜合性缺失亦可能與乳腺癌轉(zhuǎn)移有關(guān)。
　　結(jié)論：(1)從結(jié)果中可以看到,血液、原發(fā)腫瘤和轉(zhuǎn)移瘤的DNA質(zhì)量、濃度和純度均符合外顯子測序的要求;(2)從該實驗中可以看

4、出基因的雜合性缺失在轉(zhuǎn)移瘤中的發(fā)生率較原發(fā)腫瘤高;(3)利用外顯子測序技術(shù)可以發(fā)現(xiàn)其他雜合性缺失檢測方法發(fā)現(xiàn)的區(qū)域,同時還可以發(fā)現(xiàn)其他方法沒有發(fā)現(xiàn)的區(qū)域;(4)從總體來看,雜合性缺失涉及的基因最多的是19號染色體,其次是14號染色體、3號染色體和11號染色體;(5)從個體來看,雜合性缺失在各染色體中,主要發(fā)生在以下區(qū)域:1p36、2q37、3q21、5q21、6q21、8p23、9p13、10p24、11q23、13q14、14q32、