新煙堿類化合物與受體藥效構(gòu)象的模擬研究.pdf

1、新煙堿類化合物是新一代的殺蟲劑，具有高效低毒等特點(diǎn)，在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)和日常生活中扮演著越來越重要的角色。大量試驗(yàn)數(shù)據(jù)表明：新煙堿類化合物的靶點(diǎn)蛋白為煙堿型乙酰膽堿受體，其作用模式類似于煙堿分子。本試驗(yàn)借助分子對接手段，從已確定的煙堿.煙堿型乙酰膽堿受體復(fù)合構(gòu)象模型出發(fā)，采用SYBYL6.92軟件包中FlexX分子對接模塊對新煙堿類化合物的3種已上市化合物吡蟲啉，噻蟲啉，烯啶蟲胺和3種吡蟲啉的結(jié)構(gòu)衍生物同受體蛋白作用的精確模型進(jìn)行了研究。通過全

2、局搜索方法構(gòu)建配體的大型構(gòu)象庫進(jìn)行對接，克服了軟件自身僅為剛性對接，缺乏對環(huán)狀分子進(jìn)行鍵角改變能力的不足；采用依據(jù)構(gòu)象標(biāo)準(zhǔn)偏差對結(jié)果進(jìn)行分類并考察CScore打分函數(shù)數(shù)據(jù)的篩選手段，解決了傳統(tǒng)篩選方法僅依靠打分函數(shù)進(jìn)行結(jié)果判斷而在較多構(gòu)象情況下偶爾缺乏區(qū)別不同構(gòu)象能力的缺陷。通過不同于FlexX對接算法的AutoDock軟件對結(jié)果進(jìn)行重新對接來考察結(jié)果的可靠性，并綜合所有結(jié)果給出合理的新煙堿類化合物-煙堿型乙酰膽堿受體的藥效作用構(gòu)象模型

3、。 通過對接計(jì)算所得的新煙堿類藥物的藥效作用構(gòu)象模型：配體吡啶環(huán)上氮原子通過水分子同受體LeU102，Met114形成氫鍵并且咪唑環(huán)或噻唑環(huán)上親水側(cè)鏈同受體CYS187或SER186形成氫鍵，疏水側(cè)鏈同疏水部位A(TYR164，TRP53，TYR89以及TYR185殘基)，或疏水部位B(TYR132，CYS187和CYS188)相互作用，同早先有關(guān)文獻(xiàn)報(bào)道的試驗(yàn)結(jié)果部分吻合，充分表明了其合理性。依據(jù)本構(gòu)象模型，作者提出了對新煙堿