舟山島的中國小鯢線粒體基因組與小鯢科的系統(tǒng)發(fā)育.pdf

1、小鯢科是亞洲特有的陸生且最低等的兩柄動(dòng)物類群，為有尾目中種類較豐富的類群，總計(jì)10屬59余種。中國小鯢Hynobius chinensis由Günther(1889)根據(jù)湖北宜昌的模式標(biāo)本訂立，目前中國小鯢廣泛的分布于中國中東部。至今為止，還沒有舟山島的中國小鯢線粒體基因組的研究報(bào)道，而在小鯢科的系統(tǒng)發(fā)育研究中，也沒有對舟山的中國小鯢進(jìn)行采樣分析。另外，舟山的中國小鯢是何時(shí)以及通過何種方式來到島上也沒有定論。同時(shí)由于小鯢科物種體型較小，

2、形態(tài)上存在不同程度的變異，給傳統(tǒng)的形態(tài)分類帶來了難題，致使小鯢科的命名及分類系統(tǒng)較為混亂，同種異名現(xiàn)象時(shí)有發(fā)生。相比于核基因，線粒體基因由于特有的遺傳及進(jìn)化特點(diǎn)，廣泛地應(yīng)用于現(xiàn)代分子系統(tǒng)學(xué)研究。本研究擬采用PCR方法擴(kuò)增得到舟山的中國小鯢線粒體基因組全序列，并且結(jié)合GenBank中已發(fā)表的小鯢科物種的基因組以及Cytb基因序列，分別采用ME，ML，MP，NJ以及貝葉斯方法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹，探討小鯢科的系統(tǒng)發(fā)育及演化關(guān)系，并結(jié)合化石記錄進(jìn)行

3、貝葉斯松散分子鐘的分歧時(shí)間估算，旨在為了解小鯢科的進(jìn)化歷程提供新的分子證據(jù)。
　　本文主要研究結(jié)果如下:
　　1.中國小鯢的線粒體基因組全長為16495bp，其基因緊密排列，基因排布順序以及密碼子使用策略與大多數(shù)脊椎動(dòng)物相同;除分布在重鏈上的大多數(shù)基因，僅ND6和8個(gè)tRNA基因在輕鏈上進(jìn)行轉(zhuǎn)錄;堿基含量分別為T，32.6％;C，20.3％;A，33.5％;G，13.7％，AT含量高于GC含量的特點(diǎn)與大多數(shù)脊椎動(dòng)物類似。輕鏈

4、起始復(fù)制區(qū)(OriL)位于tRNAAsn和tRNACys之間，可形成穩(wěn)定的莖環(huán)結(jié)構(gòu);識(shí)別到控制區(qū)內(nèi)的終止序列區(qū)(TAS)的核心序列。
　　2.基于線粒體基因組的小鯢科系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系表明，小鯢科為單系起源，爪鯢屬位于系統(tǒng)發(fā)育樹的基部，是該科中最原始的一個(gè)屬。山溪鯢屬，巴鯢屬，擬小鯢屬和原鯢屬聚為一個(gè)大支;北鯢屬和副趾鯢屬在所有的重建方法中均被聚為一支;肥鯢屬是除爪鯢屬、副趾鯢屬和北鯢屬之外的其他屬的姐妹群。舟山島的中國小鯢和義烏小鯢聚

5、為一支，親緣關(guān)系最近。不同的系統(tǒng)樹重建方法均產(chǎn)生穩(wěn)健且基本一致的拓?fù)錁湫危J(rèn)為其結(jié)果具有較高的可信度。
　　3.基于Cytb基因的小鯢科系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系顯示爪鯢屬位于系統(tǒng)發(fā)育樹的基部，副趾鯢屬和北鯢屬聚為一支，再與肥鯢屬聚為一大支;巴鯢屬和山溪鯢屬聚為一支，是最近的姐妹群;肥鯢屬是巴鯢屬和山溪鯢屬的姐妹群;擬小鯢屬單獨(dú)形成一支。極北鯢屬同小鯢屬聚為一支;舟山島的中國小鯢和義烏小鯢親緣關(guān)系最近，而祁陽的中國小鯢和掛榜山小鯢共同聚為一支。