刻肋海膽科兩種刻肋海膽線粒體基因組全序測定和系統(tǒng)發(fā)育學分析.pdf

1、本文以芮氏刻肋海膽和哈氏刻肋海膽為研究對象,利用線粒體基因組全序?qū)@兩種海膽進行比較研究,同時從線粒體基因組的方面討論其海膽綱中9種海膽的系統(tǒng)發(fā)育關系和遺傳分化。本研究成果為海膽的線粒體基因組數(shù)據(jù)提供了基礎資料,為海膽分類學提供了分子依據(jù)。
　　線粒體基因組全序測定方面,以long-PCR結(jié)合常規(guī)PCR方法設計了17對引物和10對檢測引物,采用步移法測定了兩種刻肋海膽的線粒體基因組全序列,其中芮氏刻肋海膽基因組長度為15696bp

2、,哈氏刻肋海膽為15710bp。刻肋海膽的基因組結(jié)構(gòu)與棘皮動物門的大多數(shù)已知序列種一致,包括22個tRNA、2個rRna、13個蛋白質(zhì)編碼基因以及非編碼區(qū),排列順序也與棘皮動物一致;堿基含量方面,刻肋海膽線粒體基因組兩條鏈上有明顯的AT偏倚;兩種刻肋海膽同源蛋白質(zhì)基因的長度(除COX1)和順序相同,大多數(shù)基因用標準密碼子ATG,少數(shù)使用GTG作為起始密碼子;兩種刻肋海膽的核糖體RNA長度相同,且表現(xiàn)出較高的保守性;兩種刻肋海膽的輕鏈復制

3、起始區(qū)OL均能形成穩(wěn)定的莖環(huán)二級結(jié)構(gòu)。
　　系統(tǒng)發(fā)育方面,采用線粒體基因全序列、蛋白質(zhì)編碼基因聯(lián)合、tRNA聯(lián)合、rRNA聯(lián)合對9種海膽分別采用距離法(NJ),最大節(jié)約法(MP),最大擬然法(ML)構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹,根據(jù)Kimura-2-parameter計算其遺傳距離,結(jié)果顯示刻肋海膽的兩種海膽和黑海膽、心形海膽的遺傳距離較近,與球海膽科的遺傳距離較遠。3種方法構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹,樹形基本相同,系統(tǒng)發(fā)育拓撲結(jié)構(gòu)與形態(tài)學分類結(jié)果一致。