大腸桿菌基因改造數(shù)據(jù)庫的構建和集成網(wǎng)絡分析.pdf

1、作為原核常用模式菌,大腸桿菌常被作為基因工程的對象加以利用。生物工作者經(jīng)常對大腸桿菌進行基因改造和發(fā)酵培養(yǎng),用來提高某一目標產(chǎn)物的產(chǎn)量,如各種氨基酸。隨著后基因組時代和系統(tǒng)生物學的到來,基因工程也開始與系統(tǒng)生物學結合,促進了大腸桿菌基因改造的進一步發(fā)展。因此,關于大腸桿菌基因改造提高某一目標產(chǎn)物產(chǎn)量的文獻和專利日益增多,信息繁蕪復雜,對于生物工作者查詢信息比較困難。隨著生物信息學的發(fā)展,許多生物數(shù)據(jù)庫也建立起來,如KEGG、EcoCyc

2、等?；谶@些數(shù)據(jù)庫的構建理念,我們希望構建一個大腸桿菌基因改造數(shù)據(jù)庫來方便生物工作者進行大腸桿菌基因改造的研究。
　　本研究旨在構建一個圖表結合的大腸桿菌基因改造數(shù)據(jù)庫(EcoGMD:E.coliGeneModificationDatabase,http://www.ibiodesign.net/ecogmd),該數(shù)據(jù)庫以被改造基因和目標產(chǎn)物為核心,包括了文獻和專利中的大腸桿菌基因改造信息,并以目標產(chǎn)物分類,繪制了相應的基因改造和

3、代謝途徑關系圖,包含了基因調(diào)控和代謝途徑信息。該數(shù)據(jù)庫主要包括了大腸桿菌的菌株名、基因號、改造方法、結果、目標產(chǎn)物、產(chǎn)物得率、文獻來源和發(fā)表年份。目標產(chǎn)物主要以氨基酸為主,尤其是蘇氨酸、賴氨酸等,另外還包括了其他目標產(chǎn)物,如乙醇、脂肪酸,乳酸等。其中基因改造方法主要包括了基因的刪除、修飾、過表達,以及其他細菌基因的引入(如pycgenefromRhizobiumetli)等。目前已經(jīng)搜集了數(shù)百篇文獻和專利,整理了針對60余種目標產(chǎn)物的大