產(chǎn)電微生物數(shù)據(jù)庫(kù)和網(wǎng)絡(luò)分析平臺(tái)的設(shè)計(jì).pdf

1、微生物燃料電池(microbial fuel cell，MFC)作為一種可再生能源，因?yàn)槠涮赜械膬?yōu)勢(shì)而受到關(guān)注并快速發(fā)展。然而目前MFC的產(chǎn)電效率還不夠高，技術(shù)還不夠成熟，對(duì)其進(jìn)一步研究有很大必要。在影響MFC的諸多因素之中，產(chǎn)電微生物是MFC的核心，它的產(chǎn)電機(jī)制對(duì)于MFC的研究具有重要意義。
　　針對(duì)產(chǎn)電微生物研究現(xiàn)狀，本文發(fā)展微生物基因組分析方法，整理并搜集產(chǎn)電微生物相關(guān)的數(shù)據(jù)和資源，建立了產(chǎn)電微生物數(shù)據(jù)庫(kù)和分析平臺(tái)。這些工作

2、會(huì)為產(chǎn)電微生物的分析提供便利，幫助研究者發(fā)現(xiàn)與電子產(chǎn)生、轉(zhuǎn)移相關(guān)的基因，認(rèn)識(shí)具體微生物的產(chǎn)電機(jī)制，從而利用基因工程的手段，有目的地對(duì)微生物進(jìn)行改造，以提高M(jìn)FC的性能。
　　建立了微生物基因重注釋分析工具RPGM。將TN曲線和Z曲線方法結(jié)合，提出一套完整的識(shí)別微生物基因組中錯(cuò)誤注釋蛋白質(zhì)編碼基因的算法。將該算法應(yīng)用于61個(gè)隨機(jī)選取的微生物基因組中，得到了平均準(zhǔn)確率為99.94％的預(yù)測(cè)結(jié)果?；谶@套算法開(kāi)發(fā)了目前國(guó)際上首個(gè)微生物基因

3、組蛋白質(zhì)編碼基因重注釋工具www.cbi.seu.edu.cn/RPGM，該工具可免費(fèi)使用且操作簡(jiǎn)單，因此將會(huì)為今后基因組注釋等工作提供很好的技術(shù)方法。
　　建立了產(chǎn)電微生物數(shù)據(jù)庫(kù)EGBase。采用手動(dòng)和自動(dòng)方式，從生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)中收集產(chǎn)電微生物的名稱；通過(guò)對(duì)現(xiàn)有網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)資源的分析。從NCBI的FTP服務(wù)器、NCBI E-Utilities編程接口和Google Scholar等資源處收集產(chǎn)電微生物數(shù)據(jù)和文獻(xiàn)，并根據(jù)這些數(shù)據(jù)的特點(diǎn)、

4、內(nèi)容，設(shè)計(jì)了產(chǎn)電微生物基因組數(shù)據(jù)庫(kù)-EGBase；最終，在開(kāi)發(fā)環(huán)境LAMP上實(shí)現(xiàn)了這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，選擇并收集各類信息，將這些數(shù)據(jù)整理、導(dǎo)入數(shù)據(jù)庫(kù)。目前，EGBase數(shù)據(jù)庫(kù)共收集了222個(gè)基因組、477，114個(gè)基因的數(shù)據(jù)，以及其它的一些信息。
　　依托基因重注釋工具RPGM和產(chǎn)電微生物基因組數(shù)據(jù)庫(kù)EGBase，構(gòu)建了綜合的產(chǎn)電微生物基因組網(wǎng)絡(luò)分析平臺(tái)。使用php語(yǔ)言編寫(xiě)了平臺(tái)的前端網(wǎng)頁(yè)，在頁(yè)面上提供基本的EGBase數(shù)據(jù)搜索、數(shù)據(jù)瀏覽