血管緊張素Ⅱ1型受體同源建模及其拮抗劑設(shè)計.pdf

1、血管緊張素Ⅱ1型受體(AT1)拮抗劑是一類重要的抗高血壓藥物。由于AT1三維晶體結(jié)構(gòu)未知，其同源建模對指導(dǎo)拮抗劑分子的理性設(shè)計尤為重要?，F(xiàn)有研究中AT1與模板的序列一致性低于30％，此水平下常規(guī)建模技術(shù)得到的模型很難滿足理性藥物設(shè)計需求。因此，本文嘗試從模板與建模技術(shù)兩個方面，改進(jìn)AT1同源建模，以期得到適于理性藥物設(shè)計的模型。
　　模板方面，選用最新發(fā)布的阿片受體類若干亞型，獲得5個序列一致性均高于30％的模板。
　　建模

2、技術(shù)方面，最新提出的組合法、含配體重建模法及蛋白質(zhì)-配體復(fù)合物建模法應(yīng)用于AT1的同源建模均未見報道，因此本文擬采用以上三種方法構(gòu)建受體模型:
　　(1)由5個模板分別進(jìn)行常規(guī)建模，所得模型通過片斷分割、選擇與連接，得到的組合模型結(jié)構(gòu)合理性明顯提高;
　　(2)以5個常規(guī)模型為初始模型，與氯沙坦進(jìn)行分子對接，通過含配體重建模實(shí)現(xiàn)氯沙坦與AT1之間的誘導(dǎo)契合，生成的5個最終模型與配體之間的空間契合度及相互作用力均明顯改善;

3、r>　　(3)現(xiàn)有的復(fù)合物建模法較強(qiáng)地依賴于模板配體與目標(biāo)配體之間的結(jié)構(gòu)相似性，而沙坦類化合物與所用模板配體的結(jié)構(gòu)差異性較大，因此現(xiàn)有方法不能直接用于AT1的建模。鑒于此，本文提出一種新的建模技術(shù)——基于位點(diǎn)的預(yù)對接法，在建模前通過分子對接將目標(biāo)配體放入模板受體形成雜化模板，由雜化模板通過誘導(dǎo)契合最終得到復(fù)合物模型，其中預(yù)對接的位點(diǎn)由模板受體中與目標(biāo)受體活性位點(diǎn)在序列比對中相對應(yīng)的若干殘基構(gòu)成。分別以氯沙坦、替米沙坦為目標(biāo)配體，由5個不

4、同模板得到的10個AT1-氯沙坦/替米沙坦復(fù)合物模型，結(jié)構(gòu)合理區(qū)域殘基比例均達(dá)97％以上，且在公認(rèn)的Lys199、His256、Val108等活性位點(diǎn)處均與配體發(fā)生相互作用。
　　通過分子對接與虛擬篩選對10個復(fù)合物模型的可靠性進(jìn)行研究，發(fā)現(xiàn)10個模型與替米沙坦、坎地沙坦及氯沙坦的對接分?jǐn)?shù)均與生物活性數(shù)據(jù)一致，且在虛擬篩選數(shù)據(jù)庫排名前10％中富集了81％的活性化合物，其中tel-m2達(dá)到100％。以tel-m2指導(dǎo)AT1拮抗劑的分