部分禽類mtDNA序列測定及在不同來源禽肉鑒定上的應(yīng)用.pdf

1、目前市場上肉類品種混雜，摻雜摻假、以次充好的現(xiàn)象屢禁不止。針對這些現(xiàn)象，亟需建立一種快速的檢測技術(shù)。線粒體基因組(mtDNA)具有多態(tài)性豐富、無重組、母系遺傳等特點，是開展系統(tǒng)發(fā)育學(xué)、分子生態(tài)學(xué)、分類學(xué)等研究的理想分子標(biāo)記。我國家禽品種眾多，某一家禽品種難以代表本物種的遺傳特征，本研究以線粒體基因作為目標(biāo)基因，在獲取鴻雁(Anas poecilorhyncha，中國鵝種的祖先)和斑嘴鴨(Anas po ecilorhyncha，家鴨祖先

2、之一)線粒體全序列基礎(chǔ)上，選取細(xì)胞色素氧化酶基因Ⅰ(COⅠ)作為目標(biāo)基因，對6種具顯著代表性的家禽肉（雞、鴨、鵝、鵪鶉、火雞和鴿）線粒體DNA基因條形碼區(qū)域進行擴增與鑒定，通過序列比對等方法建立了一種快速鑒別禽肉的分子生物學(xué)方法。主要研究結(jié)果如下:
　　通過對斑嘴鴨線粒體基因組全序列的擴增，獲得了斑嘴鴨線粒體全序列16606bp，并提交Genbank(AccessionNo.KF751616)，其包含22個tRNA、2個rRNA基

3、因、13種蛋白質(zhì)編碼基因和1個D-loop區(qū)。堿基組成T為22.2％，C為32.8％，A為29.2％，G為15.8％，無明顯的AT偏好性，22種tRNA都為典型的三葉草結(jié)構(gòu)，參照棕頭鴉（Larus brunnicephalus）和黑尾地鴉（Podoces hendersoni）的12S rRNA，對斑嘴鴨12S rRNA的二級結(jié)構(gòu)進行了預(yù)測，含有4個結(jié)構(gòu)域和37個莖環(huán)。對D-loop控制區(qū)序列分析發(fā)現(xiàn)其含有g(shù)oose hairpin，E

4、-box，F(xiàn)-box，D-box，Bird similarity-box及CSBl-box。以原雞作為參考群體，采用NJ算法和ML算法，基于線粒體基因組全序列及D-loop區(qū)（鴨屬4個種，家鴨3個種，原雞）分別構(gòu)建系統(tǒng)進化樹，發(fā)現(xiàn)3個家鴨品種與綠頭鴨親源關(guān)系較近。
　　通過同樣的方法，我們獲得了鴻雁16739 bp的線粒體全序列，并提交GenBank(AccessionNo.KJ124555)，其包含22個tRNA、2個rRNA基

5、因、13種蛋白質(zhì)編碼基因和一個D-loop區(qū)。堿基組成T為22.49％，C為32.24％，A為30.21％，G為15.06％，無明顯的AT偏好性。22種tRNA都為典型的三葉草結(jié)構(gòu)，參照原雞（Gallus gallus）和黑尾地鴉（Podoces hendersoni）的12S rRNA，對鴻雁12S rRNA的二級結(jié)構(gòu)進行了預(yù)測，發(fā)現(xiàn)其含有4個結(jié)構(gòu)域、37個莖環(huán)和13個突出部。對D-loop控制區(qū)序列分析發(fā)現(xiàn)，含有LSP/HSP、ET

6、ASl-2、Goose hairpin、E-box、F-box、D-box、C-box、Bird similarity-box、CSBl-box、CSB-like和OH。同樣以原雞作為參考群體，采用鄰接法(NJ)、最大擬然法(ML)算法和貝葉斯法，基于線粒體基因組全序列分別構(gòu)建系統(tǒng)進化樹，發(fā)現(xiàn)鴻雁與灰雁(Anser anser)、豆雁（Anser fabalis）、白額（Anser albifrons）和加拿大黑雁（Branta can

7、adensis）處于一個分支，親緣關(guān)系較近。
　　通過對雞雁小綱（Galloanserae）線粒體基因組全序列進行分析，篩選出COI基因上游基因條形碼區(qū)域作為候選目標(biāo)區(qū)域，并針對其兩端保守區(qū)域設(shè)計禽類通用引物(P4)，并以發(fā)表的鳥類COI通用引物(P8)為對照，以雞、鴨、鵝、鵪鶉、火雞和鴿六種禽肉為實驗材料，采用PCR-RFLP對6種不同來源禽肉的COI條形碼區(qū)域進行了擴增與鑒定，試驗結(jié)果顯示，6種禽類在P4通用引物擴增的酶切產(chǎn)物