基于基因芯片技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組表達研究.pdf

1、研究表明高等真核生物中普遍存在選擇性剪切現(xiàn)象，選擇性剪接的異常會引起轉(zhuǎn)錄組異常而導致某些疾病的發(fā)生，如帕金森病、早老性癡呆、強直性肌營養(yǎng)不良等。因此，轉(zhuǎn)錄組表達的研究是近年來生物醫(yī)學領(lǐng)域的一個研究熱點，基于基因芯片的基因與異構(gòu)體表達水平的分析研究為揭示轉(zhuǎn)錄組表達的變化情況提供了一種可行的研究方式。Affmetrix公司制備的外顯子芯片和HTA2.0芯片是轉(zhuǎn)錄組研究中常用的基因芯片實驗技術(shù)。在轉(zhuǎn)錄組研究中，轉(zhuǎn)錄組表達水平計算的精度影響后續(xù)

2、尋找差異基因、選擇性剪切事件檢測等分析結(jié)果。因此準確的計算出轉(zhuǎn)錄組表達水平對轉(zhuǎn)錄組研究具有重要的作用。
　　本文在先前提出的用于計算外顯子芯片基因及異構(gòu)體表達水平的GME模型基礎(chǔ)上，提出了iGME模型，利用已知基因、剪接異構(gòu)體、探針的對應關(guān)系，模擬了條件獨立的探針特性，加速原來GME的計算速度并獲得了較為準確的精度。針對iGME模型單條件的芯片個數(shù)增加，模型效率降低的問題，提出一種充分利用多核處理機或者集群環(huán)境來提高效率的并行計算